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奏折制度取消中间环节，提高行政效率，成为雍正推行革新大政的有力工具。诸如“耗羡归公”、“摊丁入地”、“改土归流”等被雍正称为“机密紧要之事”，通过“无不立达”的奏折和朱批谕旨，往复讨论，迅速决定，雷厉风行地予以推行；并继续以“无不立达”的奏折和朱批谕旨指导和监督其实施。
奏折制度令各级官员彼此监督、互相告密，成为雍正控制官员的有效手段。一方面，奏折制度把官员秘密言事或者说充当特务，变为其本职工作的一部分，迫使他们彼此各存戒心，不敢放胆妄为，迫使他们对雍正更存畏惧之心，俯首为奴；另一方面，奏折制度使雍正可多方了解、掌握臣下的思想、心术乃至隐衷，由于密折具有高度机密性，其内容只有皇帝和上奏折之人知道，故雍正可以充分利用密折，或多方笼络、予以鼓励和教诲；或挑拨离间，予以孤立打击，从而在更大程度上操纵、控制各级官员。
雍正通过密折朱批，对群臣极尽笼络之能事。如对宠臣鄂尔泰朱批道：“默祝上苍厚土、圣祖神明，令我鄂尔泰多福多寿多男子，平安如意。”“朕实含泪观之。卿实可为朕之知己，卿若见不透，信不及，亦不能如此行，亦不敢如此行页。朕实嘉悦而庆幸焉。”对宠臣田文镜朱批道：“卿之是即朕之是，卿之非即朕之非，其间有何区别？”对其他官员也透着亲近。如在湖广岳常道杨晏奏折上朱批：“是何言欤为？如何教朕料理起你家务来了，如此撒娇儿使不得，你弟兄们共商量速完结好，可惜你们功名与朕恩典。”在山东登州总兵官黄元骥奏折上朱批：“知道了，你去年来少觉有点老景，打起精神来做官，若以年老废弛，使不得。”在宣化总兵官李如柏奏折上朱批：“朕安，闻你吃酒任性，若如此，大负朕恩，自暴自弃矣，当惜自身，可惜下半世功名人品。”
雍正通过密折朱批，对群臣挑拨离间，分化瓦解。如他欲兴年、隆狱之初，雍正二年十一月，在湖南巡抚王朝恩奏折中朱批：“即隆科多、年羹尧亦不能致汝祸福也，二人就曾在朕前奏汝不可用。”雍正二年十二月，在河道总督齐苏勒奏折中朱批：“隆科多止论尔操守平常，而年羹尧前岁数奏你不能料理河务。”雍正三年二月在云贵总督高其倬奏折中朱批：年羹尧曾“奏你不称云贵总督之职”，“若有与你作梗为难，只管密以奏闻”。
雍正通过密折朱批，对群臣不称旨之举，冷嘲热讽，滥发天威，严责痛斥，不留余地。如在广州左翼副都统吴如泽奏折上朱批：“胡说，看你有些疯癫。”在甘肃巡抚石文焯奏折上朱批：“无耻之极，难为你如何下笔书此一折。”在陕西巡抚西琳奏折上朱批：“汝扪心自问，何为立于天地间也，满洲大臣官员之不廉无耻见小之愚风，再不能改革，朕实不解。朕闻此奏各处访问，你虽无大贪之处，小取挟私之事，不可枚举。总言福量浅薄，担荷不起朕恩，满洲为面着汝等畜类不如，良心丧尽之人坏尽矣！” 雍正朱批御旨常常出现“混账”、“糊涂”、“狗彘”、“恶种”、“愚顽”、“卑鄙”、“滥小人”、“厚颜无耻”、“可笑之极”、“岂有此理”、“庸愚下流”、“草率孟浪”、“不是东西”、“禽兽木石”、“朽木粪土”等污言秽语。
雍正常勉励大小官员：“为人只要清晨出门时抬头望天，至晚归寝时以手扪心，自得为人之道矣。”天，即是天子，即是雍正，雍正极具威慑力地要求大小官员每一件事，都要抬头看天，扪心自问，是不是忠于雍正。
在这样险境丛生、祸福莫卜的环境中，大小官员诚惶诚恐、人人自危，纷纷以谨慎自励、以雍正奴才自居，不敢错言一句话，错行一步路。
雍正七年，在平定准噶尔策旺阿拉布坦之役中，雍正更设立了军机处（按：原名“军机房”，后改名“办理军机处”简称“军机处”）。军机处设军机大臣（按：正式称呼是“军机处大臣上行走”，“军机大臣上学习行走”，统称“办理军机大臣”，简称“军机大臣”），无定员，由雍正从大学士、尚书、侍郎等官员中特旨选任。另设军机章京，无定员，由雍正从内阁、翰林院、六部、理藩院、议政处等衙门官员中拣任。军机处只有值房，没有正式衙门，因此人说军机处“无公署，无专官”。
军机处是皇帝私人的秘书班子。乾隆时当过军机章京的赵翼说：雍正以来，军机大臣“只供传述缮撰，而不能稍有赞画于其间”。军机大臣只对皇帝负责，只是承旨办事，不能成为与皇帝抗衡的宰相；军机章京是兼职人员，很难与军机大臣结成死党，因此军机处不可能形成尾大不掉之势，只能绝对听命于皇帝。
军机处与奏折制相辅相成，雍正亲自批答奏折，向军机大臣面授机宜。军国要务由雍正一人决定，且通过军机处，提高了行政效率，使空前强化的皇权能够真正充分地落到实处，这使雍正在人们的心目中成为最大、从而也最可怕的独裁者。
其次是进行吏治的整顿。与推广奏折制度同时，雍正以极大的力度进行了吏治整顿。吏治整顿主要围绕经济问题进行。
查补亏空钱粮
康熙晚年贪官横行，钱粮亏空的现象十分严重。雍正即位后一个月，即下令全面清查亏空钱粮，矛头明确指向各级贪官。雍正的态度十分强硬，表示“朕今不能如皇考宽容”、“断断不能姑容”，要求各省督抚必须将所载钱粮严行稽查，“凡有亏空，三年之内务期如数补足，毋得苛派民间，毋得藉端遮饰，如限满不完，定行从重治罪。三年补完之后，若再有亏空，决不宽贷。”亏空的钱粮，除被上司勒索及因公挪移分别处分外，其实在贪污者，一经查明，“即行正法”。若“循私容隐”，“将督抚一并从重治罪”。
精明的雍正使出“赶尽杀绝”之辣手：
第一，两地抄家。抄家，不只在犯官官衙抄，而且在其原籍老家同时抄，以防被抄之人将财产“隐匿寄顿”。雍正道：听任这些贪官“以贪婪横取之资财，肥身家以长子孙，则国法何在？而人心何以示儆”？“朕将奇贪极酷之吏，抄没其家资，以备公事赏赉之用”。
第二，不但抄家而且罢官。以往官员亏空经常是革职留任，弥补亏空。雍正尖锐指出：“亏空钱粮各官若革职留任以催追”，“不取于民，将从何出”？“必致贻累百姓”，严谕不准复留原任。若果为官尚好，彻底清还完毕后，可再由大吏题请复任。
第三，亏空钱粮不准代赔。以往官员亏空有当地官民代为清偿之例，雍正五年，新任直隶巡抚李维钧奏请该省官员，欲助前任总督赵弘燮清补亏空，雍正不准。他认为合州县之力代为赔补，其中必有隐情。不是不肖官绅上下勾结、希图将来犯官“题留复任”后相互利用，便是不法吏胥企图藉端科敛百姓。他不无揶揄道：“你州县官若富裕有钱，准为地方兴利，然不准为他人补漏。”
第四，亏空钱粮却着落犯官宗亲戚友连带赔补。雍正以犯官宗亲戚友平时分用赃银赃物、又有窝赃可能，故在相当长的一段时间——雍正四年以前，均连带抄没犯官宗亲戚友的家产。而若犯官畏罪自杀，则“跑了和尚跑不了庙”，加重处罚其家属，向其家属追赔。雍正四年，广东道员李滨、福建道员陶范被参亏空钱粮，未及审理便自杀身亡。雍正尖刻地说：这些犯官以为“官职家财既不能保，不若以一死抵赖，留赀财产子孙之计”，狡计难逞！他严令广东巡抚杨文乾、闽浙总督高其倬、福建巡抚毛文铨等，将犯官“嫡亲子弟并家人等”严加审讯，“所有赃款着落追赔”。
雍正严厉查补以往亏空钱粮的同时，遇有新的贪赃，更加严惩不贷。雍正五年、六年，退职回原籍吴江的原礼科给事中、山西学政陈沂震，丁忧回原籍华亭的原翰林院侍讲、江西乡试主考官、山西学政廖赓谟，被人告发放考时贪赃受贿，雍正命前者出银一二十万两助修吴淞江；命后者出银八万两疏浚苏淞河道，另出银二万两送直隶正定府助修城墙。雍正十年，河南学政俞鸿图被人告发“纳贿营私”，资财累万，雍正断然将其处以斩刑。
雍正抽紧了绳索，大小贪官（清朝几乎无官不贪）战战兢兢、朝不保夕、积怨蓄恨，对雍正暗结阴毒惨刻之仇的大有人在。
实行“耗羡归公”和“养廉银”制度（1）
清代赋税中的“地丁钱粮”征收银两，银两形状大小不同、成色不同，需统一熔销铸造为大小形状一致、成色相同的银锭上缴户部，熔销过程中的损耗称为“火耗”；清代赋税中的“漕粮”征收粮食，粮食晾晒、簸扬及长途运输中遭雀吃鼠啃的损耗叫做“鼠雀耗”；解送搬运钱粮入库所需费用叫做“脚耗”，这些统称为“耗羡”。清朝实行低俸禄制度，一品大员总督年俸仅一百八十两，二品的巡抚、布政使仅一百五十两，以下递减，七品县令只得四十五两，吏役钱粮更加微薄，一年只有六到八两。这一点薪俸，不但要养家活口，还要聘请不可缺少的幕府师爷，应时打点孝敬各级上司的礼金，日常送往迎来、交际应酬的费用，直如杯水车薪，绝不足以维持官员正常的家庭生活、幕府的费用支出及庞大的礼金、招待、交际费用。于是康熙时许州县官取一分为限的火耗，“意在养廉”；而地方官则将耗羡的私征、私派、私用视为约定俗成、合理合法的地方权利。耗羡征收的实际数量难于限制。火耗率从江西、浙江占正额钱粮的百分之五至十，一直到山东、河南占正额钱粮的百分之八十。
耗羡的滥征、滥派，雍正心知肚明，雍正元年元旦谕地方官文告中即提出：“今钱粮火耗，日渐加增，重者每两加至四五钱，民脂民膏，朘