遣戍宁古塔。
上面说的三王，抗清并没有多少战绩，命也不长，只有桂王政权在农民军和反正将领的帮助下坚持了十五六年，有些作为。
顺治三年十一月，崇祯时户部员外郎苏观生、崇祯时礼部尚书何吾立朱聿键之弟朱聿为帝，年号绍武。刚成立就与桂王政权相攻。第二年清军破广州，为李成栋所俘，自杀。
顺治三年十月，万历进士、兵部右侍郎，唐王封为平粤伯的丁魁楚和福王政权时封右都御史的瞿式耜拥立明思宗堂弟桂王朱由榔，监国肇庆，后称帝，建元永历，这就是桂王政权。该政权是五个残明政权中力量最强，抗清时间最长的，持续了十五六年。这一方面与李自成和张献忠余部加入有极大关系，另有方面是一批降清明将领反正，例如明将李成栋于顺治二年降清，曾参与江阴、嘉定大屠杀，但于顺治五年与另一位降清将领金声桓反正。两人各有10万人。他们的反正后，永历帝便有云贵、湘桂、川赣、广东七省之地。
顺治六年正月济尔哈朗与孔有德破湘潭，弘光政权的兵部右侍郎何腾蛟被俘，不屈而死。十一月尚可喜攻克广州，孔有德破桂林。
由于清兵追击和操纵该政权的将领挟持的原因，永历帝颠沛流离，一直处于流亡状态：肇庆→梧州→平乐→桂林→全州→武岗→靖川→柳州→永州→南宁→桂林→浔州→→梧州→肇庆→梧州→安隆→昆明→永昌→藤越→缅甸。顺治六至九年，由于张献忠四大将的加入支撑，桂王政权曾一度声势浩荡。十四年由于孙可望的投降变节，政权出现危机。在清军的打击下，桂王十三年出奔缅甸。十八年吴三桂进入缅甸，逼迫缅甸将桂王交出。缅甸无法拒绝，桂王乃于康熙元年四月被绞杀于昆明。
官僚地主和知识分子的抗清斗争及清王朝的镇压
由于清王朝实行民族压迫政策，在击败农民起义军后又一个个摧毁残明政权，一部分明朝的官僚地主逐步认清清王朝的实质，从而走上了抗清道路。顺治二年下半年抗清义军纷起。这部分人除前面讲到的史可法、湖南弘光朝的兵部尚书何腾蛟外，还有嘉定左通使侯峒（tónɡ）曾、进士黄淳耀、江阴典史陈明遇、阎应元、松江进士陈子龙、闽浙永历帝的延平郡王郑成功，还有知识分子黄宗羲、顾炎武、夏完淳等。清王朝对他们残酷地予以镇压。下面三起是有名的：
顺治二年闰六月嘉定左通使侯峒曾、进士黄淳耀和江阴典史陈明遇、阎应元为抵制清朝剃发令，与嘉定和江阴全城民众抗击李成栋的清兵入城。前者死守12日，毙敌75000多人。因援绝矢尽，大雨坏城，终为所破，侯峒曾与二子指挥作战，敌不过，便相抱投水。后来朱瑛再起抗清，清军攻破，屠城三天（史称“嘉定三屠”），死者相藉，血流漂杵。后者坚守了81天，最后因粮尽弹绝，城被攻破，陈明遇被杀，阎应元不屈而死。清军对城中人“满城杀尽，然后封刀”。城内外共死17万多人。
郑成功的反清斗争是官僚地主抗清斗争中最有声势，坚持时间最久的斗争。郑成功，本名森，又名福松，字大木。唐王封他为总统使、招讨大将军。他反对其父郑芝龙降清，率部入海。顺治三年十二月初一，郑成功据南澳（广东饶平县东南海岛），大会群臣，发誓复明，奉永历帝正朔，顺治六年六月被封为延平王。郑成功分所部为72镇，并设吏、户、礼、兵、刑、工六官。而清王朝企图招降，于顺治十年六月五日封他海澄公，被拒。
顺治七年八月郑成功取厦门。十一年十二月克漳州。顺治帝剿抚并用的策略在郑成功部将中也发挥了作用。总兵黄梧和施琅先后降清。叛将黄梧献海禁之策，企图断绝沿海人民接济郑成功，让郑成功饿死、困死。从顺治十三年开始，清朝三下禁海令，严禁商民船只出海。顺治十八年“迁沿海居民，以垣为界，三十里以外，悉墟其地。”康熙三年“又遣吏部尚书伊里布，兵部尚书硕图，偕藩院将军提督复堪，令再徙内地五十里。”海禁给郑成功造成很大困难。十四年八月，郑成功克台州，后因闽安陷落，又撤回厦门。十五年，郑成功与张煌言合兵，大举北上，破瓜州，下镇江，围江宁，东南震动。清江南总督郎廷佐施缓兵之计，以投降相许，要郑成功宽限30日进攻。郎廷佐秘密向附近清军求救，清总兵梁化凤自崇明岛驰援。郑成功失去警惕，营垒疏防。清军集中兵力突击，郑军大败，十六年十月回师厦门。张煌言只身逃回浙江天台，为清兵搜捕，就义于杭州。
顺治十八年郑成功取台湾，作为抗清复明根据地。康熙二年清军克厦门、金门。二十二年施琅攻取台湾。
定三藩
“藩”本指篱笆，这里指藩王。藩王为王朝所封，驻守边疆，起保护王朝的屏障作用。清朝三藩指平西王吴三桂、靖南王耿精忠、平南王尚可喜。康熙十二年（1673），吴三桂联络耿精忠、尚可喜之子尚之信等掀起了一场长达8年的叛乱。康熙帝以其雄才大略，平定了这场叛乱，真正在关内实现统一。这场具有伟大政治意义的军事斗争世称平三藩。
吴三桂在镇压农民军和西南抗清力量后被封平西王镇守云南，尚可喜镇压抗清力量有功，封平南王，镇守广东，耿精忠袭祖父耿仲明爵，驻福建。三藩中以吴三桂力量最大。他在云南积极培植私人势力，以图世守云南。他有兵10余万，占有明代世镇云南的沐氏庄田700顷作为藩庄。此外他征关税，开矿铸钱，经商敛财。尚、耿2人也各有兵2万，也强征关税，聚敛钱财。三藩每年耗掉军饷2000余万两。他们的存在对清朝构成极大威胁。康熙帝决定撤销。
康熙十二年，尚可喜请归老辽东，留其子尚可信镇广东。康熙帝要求他们父子尽回辽东，并要撤藩。得知这一消息后，吴三桂、耿精忠也“要求”撤藩，以试探朝廷对他们的态度。康熙帝与议政王商议撤藩问题。很多人包括大学士图海、索额图等清政府重臣都说不宜撤，但户部尚书米思翰、兵部尚书明珠、刑部尚书莫洛同意撤。康熙帝认为吴三桂撤亦反，不撤亦反，决定三藩并撤。吴三桂原希望朝廷慰留他，让他效法沐氏世镇云南。没想到康熙帝下撤藩诏，大失所望，便谋反叛。当时朝廷派侍郎哲尔肯、翰林院学士傅达礼去云南催吴三桂办理撤藩，吴三桂便加快了反叛步伐。
这年十一月，吴三桂以谒永历帝朱由榔墓，与之告别为借口，挑起部众反清情绪，杀了催他离开云南回辽东的云南巡抚朱国治，发布反清檄文，自称天下都招讨兵马大元帅，以翌年为周元年。蓄发，易衣冠，旗帜尽白。他致书二藩、郑经与贵州、四川、湖广、陕西诸将吏，要他们响应。十二月吴三桂出兵贵阳，贵州提督李本深投降。吴三桂派马宝率军由贵州入湖广，派王屏藩进攻四川，窥视陕西。十三年正月，吴三桂称周王，改元利用，遣部将杨宝应破常德，夏国相破澧州，胡国柱破衡州，吴应麒破岳州。在吴三桂影响下，总兵、提督纷纷从叛，除李本深外还有云南提督张柱国、四川总兵谭弘、吴之茂、提督郑蛟麟、巡抚罗森，湖北襄阳总兵杨来嘉、河北总兵蔡禄、广东潮州总兵刘进忠。十三年，陕西提督王辅臣杀经略莫洛在宁羌反，并于十四年攻陷兰州、延安与绥德。耿精忠于十三年三月据福建反，囚禁福建总督范承谟，到十三年年底，已经占据浙、赣30多个城市。郑经派大将刘国轩率师进攻闽粤沿海潮州、漳州和泉州，并打到惠州府。十五年尚之信在广东叛变，囚禁忠于朝廷的父亲尚可喜。孝庄皇后养女孔四贞之夫抚蛮将军孙延龄也于十三年二月叛应吴三桂，杀都统王永年，幽禁巡抚马雄。一时间，中原、西南、东南反清甚嚣尘上。然而，当吴三桂占据湖南后便不再渡江，却派遣夏国相进犯江西以与耿精忠相合。他攻陷萍乡、上高、新昌等地。另一路是从岳州分出部分精锐，与杨来嘉一起进犯陕西，以与王辅臣相合。然而，由于清军的阻击，这个西进计划未能实现。
康熙十四年三月，蒙古察哈尔部亲王布尔尼也乘机兴兵作乱，对京师造成威胁。这支叛军为信郡王鄂札和都统大学士图海所败。
吴三桂叛变的消息首先于十二年十二月二十一日为差往贵州的党务礼、萨穆哈驰驿到京所报告。原来反对撤藩的索额图要求主张撤藩的官员正以国法。当时年仅20岁的康熙帝承担责任，坚决地说：“此出自朕意，他人何罪？”
对于吴三桂的叛变，康熙帝采取坚决打击的政策。他采取分化剿抚并用策略。他下令停撤广东、福建两藩，把打击的主要对象放在吴三桂方面。他削了吴三桂的官职，又将留在京城的吴三桂儿子吴应熊投入监狱。十三年四月读了由哲尔肯、傅达礼带回的吴三桂要求划江而治的奏章，康熙帝大怒，杀了吴应熊及其儿子吴世霖。水来土掩，兵来将挡，康熙帝向叛乱的地方和对平叛有战略意义的地方一一派出将领（主要是八旗将领）率军前往：十二年十二月令孙延龄为抚蛮将军，线国安为都统镇守广西，前锋统领硕岱扼守咽喉要地荆州，还派多罗郡王勒尔锦为宁南靖寇大将军赶赴荆州，以扼制叛军北上，派都统赫业为安西将军、西安将军瓦尔喀赴四川，扼守汉中，护军统领胡礼布为副将军，率署前锋统领穆占、副都统颜布跟随入川，令副都统马哈达驻守兖州。十三年正月，令总兵徐治都守夷陵，隆禧为镇西将军守西安，令都统巴尔布率军加强荆州守备，令都统朱满率兵守岳州，将军尼雅翰到安庆。三月清廷令安南将军额驸华善守京口，定南将军希尔根驰援江西，平寇将军根特巴鲁赴援广东。四月，以根特为平寇将军赴广西讨伐孙延龄，调西安副都统德业立守襄