追不舍。顺治元年五月，李自成在河北望都、定州反击清军失败。五月四日到真定，当日与第二日李自成与吴三桂大战，被射中胁下，负伤而走。然后，李自成率兵经井陉（ｘíｎɡ），过固关，入山西。十二日，清军到了固关就停止追击，返回北京。
李岩建议到河南发展，李自成听信牛金星谗言把他杀害，离散了军心和人心。九月十五日，随李自成西撤的唐通降清，引清军进攻李自成家乡米脂县。
顺治元年七月上旬李自成回到西安，确定以关中为根据地，打算“先恢剿宁武、代州、大同、宣府等处，后赴北京、山海，剿除辽左”。他派兵守陕北，进攻晋北，出潼关，下河南，招降了大同明总兵姜瓖。
十月十九日多尔衮令阿济格攻打李自成，吴三桂、尚可喜跟随出征。二十五日又派多铎带领孔有德、耿仲明先讨伐李自成，然后征服南明政权。顺治二年正月，费英东子图赖率兵攻打潼关，李自成败绩。当时阿济格与吴三桂已到西安之北，李自成放弃西安，潼关、西安相继陷于清军之手。李自成从蓝田经武关（陕西丹凤东南）入湖北襄阳，在九宫山为地主杀害。
李自成死后，余部坚持抗清。郝摇旗、刘体纯率10多万人与明将何腾蛟联合，李自成妻高夫人与高一功、李过率30万人与明将堵胤锡联合。联军在岳州城下、藤溪、湘阴大胜清平南大将军勒克德浑率领的清军。四年十一月，明督师何腾蛟率焦琏（ｌｉáｎ）、郝摇旗在广西全州大胜孔有德、耿仲明、尚可喜。六年二月，清廷集大军进攻湖南，何腾蛟被杀，郝摇旗、刘体纯与其他一些农民将领如李来亨、袁宗第等联合明将谭文、王光兴等到川、鄂继续抗清。康熙二年，抗清将领们在清兵围困下相继战死。
郝摇旗等先在湖南抗清，受到南明政权的排斥，便转到川、鄂地区。该地区西至大巴山、巫山，东临武当山、荆山，居长江三峡，地势险要，易守难攻。这个地区的抗清农民首领，除郝摇旗外还有刘体纯、李来亨、袁宗第、党守素、塔天宝、马腾云，明将则有王光兴、王光昌、贺珍、谭宏、谭诣、谭文，共13人，故称夔东十三家。他们用永历年号，两围重庆。康熙元年，四川总督李国英提出由四川、湖广、陕西三省会剿，得到清廷的批准。
康熙二年（1663）正月春节李国英率师从夔州（今奉节县）出发，直抵羊耳山进攻袁宗第，初三攻克袁部据点大昌城。但袁部已提前撤离到茶园坪山寨并焚毁城内外房屋，因而李国英占领的是一座空城。袁部贺道宁投降，其据点大宁被清军占领。下旬李国英攻打茶园坪。二十三、四两日，两军激战甘沟关与茶园坪，袁部战死、跳崖与被俘甚众。两军激战甘沟关，袁率残部往巴东与郝摇旗部会合。
正月初五李来亨、马腾云、党守素合兵万人，与湖广提督董学礼3万人激战兴山李家崖，兵力损失过半，余部转移。清军攻下归州、巴东、巫山等地。陕西提督王一正率兵25000进入湖北，攻占竹溪、竹山，连续击败郝永忠于赤土坡、邓川峪、张老河。接着，王一正占领郝永忠经营12年之久的房县。
三月九日，董学礼夺取李来亨所据守的南阳河的两个险关，但二十五日，李来亨士兵化装混入商贩中，配合攻击部队，袭击董部，使之损失巨大。
二十五日，刘体纯、李来亨、郝摇旗、袁宗第、党守素、塔天宝、马腾云一共50000人，到达巫山，企图一举击败清军。战斗异常激烈、悲壮，李国英顽抗。在关键时刻，义军粮草被李国英一支援军切断，义军不幸失败，阵亡7000人。
八月十九日，清廷派出大批援军分别前往湖广、巫山、兴山。十二月上旬至下旬，义军大小首领千人投降，刘体纯全家自尽，郝永忠、袁宗第在四川大兴县黄草坪被俘，三年初被杀。夔东十三家抗清失败。
七年十二月多尔衮病死，八年初顺治亲政。顺治变多尔衮重在武力镇压的做法为剿抚并用。他还制定了先西南后东南的策略。八年令敬谨亲王尼堪为定远大将军，偕贝勒屯齐进攻湖南、广东，令吴三桂偕李国翰进攻孙可望、李定国。吴三桂连下成都、叙州（今宜宾）与重庆。十年令洪承畴经略湖广、两广和云贵。
张献忠于清顺治元年取四川，建立大西政权。三年七月入川北西充山抗清。十二月，靖远大将军豪格入四川，张献忠在西充凤凰山与清军作战，中箭牺牲。张献忠四名将孙可望、李定国、艾能奇、刘文秀在张献忠死后进驻滇黔，于四年从四川退至云南、贵州联合桂王抗清，四人先后封王。清廷派遣孔有德、耿仲明、尚可喜南下进攻残明政权。顺治九年，农民军联明抗清出现大好形势：孙可望、李定国从南宁把颠簸流离的桂王迎入驻贵州安隆。刘文秀围成都，杀清都统两人，大败吴三桂于四川，收复了四川大部分、宝庆。接着李定国打了个桂林、衡宝之役，连取沅州、靖州、武岗、桂林、柳州、梧州等地，清定南王孔有德自焚，敬谨亲王尼堪被杀。但这个大好形势被孙可望迅速破坏。十四年九月他挑起内战，以十万大军进攻李定国，被李定国打败后，投降洪承畴，清廷封为义王。乘起义军内讧机会，洪承畴、吴三桂向顺治帝建议发起总攻。十五年正月，顺治帝令清兵三路入滇：平西大将军吴三桂与李国翰一路从四川南下，征南将军卓布泰一路由广西西进，宁南靖寇大将军洛托与洪承畴一路由湖南西进。桂王政府出云南永昌，奔腾越。李定国在贵州磨盘山设伏以待清军。由于叛官卢桂生泄密，李定国大败，以残兵赴云南孟良，与桂王脱离，联络各土司反清，转战滇缅边境。因感伤恢复无望，康熙元年六月在悲伤中病死。
残明政权的反清斗争及清朝的镇压
清廷入关后，连续出现了几个与清王朝对立的残明政权：福王政权、鲁王政权、唐王政权、绍武政权和桂王政权。由于本身的问题，前四个政权，清政府没花多少时间就给解决了，后一个政权只是由于农民起义军的加入，才坚持了10多年的时间。
顺治元年五月十五日，万历进士马士英勾结江北四总兵（刘泽清、刘良佐、黄得功、高杰）拥立明神宗孙、福王朱常洵长子朱由崧，称帝南京，建元弘光，是为福王政权或弘光政权。马士英担任东阁大学士，不久升太保。他推荐崇祯时谄附大宦官魏忠贤的万历进士阮大铖为兵部尚书，该政权腐败不堪，矛盾重重。福王即位不久就下令选美。马士英、阮大铖排斥东阁的学士兼礼部尚书史可法，让他督师扬州，处处受马士英的牵制。而四总兵不出兵抗清，却相互攻击，抢夺地盘。弘光二年（1645），驻武昌总兵左良玉之兵以“清君侧”的名义南下讨伐马士英，马士英、阮大铖令刘良佐、黄得功撤离汛地，与左良玉交战，江淮门户空虚。
福王政权中除了史可法、黄得功少数将领以外，其余没有几个是真正抗清的。更有甚者，这个政权以农民起义军为敌，而认敌为友。他们派人到北京议和，幻想通过割地、纳款为手段与清朝结盟，封吴三桂为蓟国公，赐银5万两，米10万石。
二年四月，清朝豫王多铎南下江淮，围扬州，刘泽清降清。四月二十五日，史可法被执，多铎要他投降。他说：“城存与存，城亡与亡；我头可断，而志不可屈。”从容就义，不屈而死。五月初十，清军渡江，刘良佐投降，招黄得功投降，遭黄得功呵斥，黄得功被降将张天禄射中喉咙，黄得功觉得自己没有希望了，拔箭刺喉自杀。福王被俘，顺治三年死于北京。三年五月，弘光政权的礼部尚书钱谦益与大学士王铎等迎降多铎。福王东阁大学士、兵部尚书马士英在太湖被俘杀掉，阮大铖（chénɡ）在浙江降清。
弘光政权灭亡后，崇祯举人张煌言、崇祯进士钱肃乐、弘光政权的兵部尚书朱大典等拥立明太祖10世孙朱以海嗣鲁王位，监国（代行国政为监国）于绍兴。这个政权一建立，就与隆武政权搞摩擦，水火不容。鲁王划钱塘江为守。顺治二年十月，鲁王出兵攻打杭州，后败退。顺治三年二月，清贝勒博格以征南大将军，征福建、浙江。
与鲁王监国同时，明礼部尚书黄道周、都督总兵官郑芝龙与其弟郑鸿逵拥立明太祖9世孙袭唐王爵的朱聿键，监国福州，建元隆武，封郑芝龙、郑鸿逵为侯，郑芝豹、郑彩为伯。
唐王在上游地区建宁、天兴、延平、兴化和下游地区漳州、泉州、邵武、汀州各设巡抚，仙霞岭外170处驻兵把守，计划10万兵防守，10万兵攻伐。军事由郑芝龙负责。朱聿键多次催郑芝龙出兵，广有田产的郑芝龙无意抗清，总是以薪饷缺乏为由，不了了之。首辅黄道周，于隆武元年（1645）自募9千兵出征抗清，到婺源兵败被俘，翌年三月不屈被杀。顺治三年正月以定国公郑鸿逵为左先锋出兵浙江，郑芝龙从子建国公郑彩为右先锋出江西。但郑鸿逵到达闽浙交界的仙霞岭就称饷绝而不前。二月唐王御驾亲征，驻建宁。六月清兵进入渡钱塘江，占有浙江。鲁王逃脱，亡海上，四年驻舟山。六年清军攻破舟山，鲁王逃亡金门，八年放弃监国号，康熙元年病逝。
顺治三年六月，占领浙江后，清军向福建进发。郑芝龙还师，退至安平。八月，唐王去江西，二十一日起行，二十四日到顺昌，为清兵捉住，与曾妃同斩于汀州。顺治二年闰六月，清廷令洪承畴招抚江南。
隆武二年，郑芝龙暗通洪承畴，撤兵不守，清军顺顺当当地进入福建。郑芝龙降清后封同安侯。顺治十一年因招降其子郑成功不成，遣戍宁古塔。
上面说的三王，抗清并没有多少战绩，命也不长，只有桂王政权在农民军和反正将领的帮�