□以后建都于鄂尔浑河上游的哈□和林。1259年蒙哥□死。次年忽必烈即大□位于漠南的开平（今内蒙古正蓝旗东闪电河北岸），1264年改汉地燕京为中都，1267年改筑中都新城于旧城东北（即今北京城前身），遂定都于此。1271年改国号为大元，次年改中都为大都。从此这个政权便继承宋金成为中国史上一个中原王朝。
当元世祖忽必烈征服南宋时，蒙古帝国已分裂。西辽故土在元朝和窝阔台、察合台二□国三方争夺之下，结果大部分为察哈台□国所有。今新疆地区的大部分在13世纪时属于元朝直辖，元世祖曾在阿力麻里（今霍城县水定镇西北）、别失八里（今吉木萨尔北破城子）、火州（今吐鲁番东南）、斡端（今和田）等地设置行政机构。但14世纪以后，这些地区终于被并入察合台□国。
元朝在东北置辽阳行省，其南界抵达辽东半岛南端，东南与高丽接壤。元与高丽边界线东段，一度曾达铁岭（今朝鲜元山南），13世纪末，双城（今朝鲜永兴）以南为高丽收复，此后遂以双城为国界，西段一度以慈悲岭（今朝鲜黄海北道中部）为界山，以后又恢复到元初以鸭绿江南岸一部分辖境分界。东至于海，在黑龙江口奴儿干地置征东元帅府。1286年前还征服了今库页岛上的骨嵬。在北方设置了岭北行省，辖有今蒙古人民共和国、苏联西伯利亚中部和中国内蒙古东部、北部和黑龙江部分地区。西南方面统一吐蕃地区（包括今藏、青大部、川西以及不丹、锡金和克什米尔部分地），置吐蕃等处宣慰使司都元帅府、吐蕃等路宣慰使司都元帅府和乌思、藏、纳里速古鲁孙等三路宣慰使司都元帅府，属中央宣政院统辖，使青藏高原第一次成为中原王朝的直属版图。1254年灭大理国，建立云南行省，辖境除今滇及黔、川部分地外，南界还到了缅甸、泰国境内。脱离了中原王朝数百年之久的云贵高原又加入了统一的大家庭。在海疆方面第1次在澎湖列岛设立行政机构巡检司，属晋江县（一说属同安县）管辖。
1368年元顺帝在北伐的明军威逼之下；北遁上都（今内蒙古正蓝旗东闪电河北岸）， 明兵进入大都（今北京市），元作为中原的统治王朝至此结束（残余势力保据漠北，史称北元，1402年后改称鞑靼）。继之而起的明朝直接统治了原来的南宋、大理和西夏、金的大部分地区，对黑龙江、松花江流域和吐蕃地区则采用羁縻统治的方式，漠北仍为蒙古后裔靼鞑、瓦□所有。今新疆地区为察合台后裔亦力把里的领土，而介于亦力把里和甘肃之间的嘉峪关以外哈密等卫，则也在明朝的羁縻统治之下，其版图远较元朝为小。
明初洪武年间，北界大致维持在阴山、大青山和西拉木伦河一线。永乐初年弃西拉木伦河以南的北平行都司诸卫所于兀良哈，又内移捍卫河套地区的东胜卫，宣德初又弃守建立于元上都故址的开平卫；至嘉靖中叶；遂尽弃河套，形成以长城（时称边墙）一线为限的北界。
东北方面；明初疆域到达了黑龙江口和库页岛。1409年（永乐七年）在黑龙江口的特林地方设置了奴儿干都司；下设130多羁縻卫所。1413年（永乐十一年）、1433年（宣德八年）中央两次派大员至该地巡视，并建永宁寺碑。两碑至今尚存。至万历年间（16世纪下半叶）增至384个卫。以后控制日衰，16世纪末到17世纪初；居于今浑河、苏子河流域的建州女真酋长努尔哈赤崛起，统一女真诸部，原建立于诸部的羁縻卫所遂归消亡。1616年努尔哈赤称帝，以赫图阿拉（今辽宁新宾县西老城）为根据地，建国号为金（史称后金）。未几即攻破辽东边墙，占领了辽东都司的大部分土地。
西北方面在洪武、永乐年间，明朝势力最远到达了新疆东部的哈密和青海柴达木盆地，在该地设置了哈密等7个羁縻卫。15世纪下半叶开始；由于瓦□和吐鲁番的侵扰，1529年（嘉靖八年）明朝放弃了这些地区，退守嘉峪关。
明朝在今藏、 青、 川西置乌斯藏都司和朵甘都司，并分封阐教、阐化、辅教、赞善、护教五王；在今阿里和拉达克设有俄力思军民元帅府，封建古格等三王。明朝前期滇省辖境很大，在今国境外的有缅甸、木邦、孟养、大古刺、底马撒等宣慰司在今缅甸境内，有老挝宣慰司在今老挝境内，有八百大甸宣慰司在今泰国境内。但明朝对这些地区的控制力比较薄弱，不同于内地土司。万历以后基本上都脱离了与明朝的羁縻关系。此外；1407年（永乐五年）又将宋元以来安南地（今越南北、中部）收入版图，设置府州县200多个；统以交趾布政使司，推行与内地完全相同的统治。当地于1427年（宣德二年）撤兵弃守。明统治越南北、中部前后凡20年。
明在澎湖设置的巡检司置罢不常。嘉靖以后台湾岛上先后已有汉人林道乾、林凤、颜思齐、郑芝龙等建立过政权。17世纪20年代为荷兰人、西班牙人所据。1661年郑成功收复台湾后，设置了府州县，沿海漳、泉、惠、潮等地人民大量移入，对台湾的开发影响很大。
清代疆域的形成是秦汉以来中华各兄弟民族长期交往、融洽的结果。清代的统一不仅是依靠军事力量的强大，主要是各地区经济发展中相互依赖，需要建立一个统一的帝国，这是历史发展的必然。
清代的疆域是由3大部分组成的：以狩猎为主的女真区、以畜牧为主的蒙古区和以农业为主的明朝区。
清代先世是活动在明朝边墙以东的建州女真部落之一。16世纪下半叶开始逐渐扩张，统一了建州女真，又并吞了海西、东海诸部。1616年建国号为金，旋即起兵反明，占领了辽东都司的大部分土地。1636年改国号曰清。1644年明亡于李自成农民军，清军在击败农民军后乘机入据北京城，建立了继承明代的中原王朝。此后在大陆上的南明势力，经历了20年相继被扑灭。又20年至1683年，统治了台湾岛22年奉明正朔的郑氏政权亦被攻破投降，设1府3县于岛上，隶属福建省。于是统一了明朝全部疆土。
清朝合并蒙古诸部及其统治下的回部、西藏、青海等地，历时达130余年之久。17世纪20～30年代；漠南蒙古诸部先后归附后金。17世纪下半叶，活动在天山北路的准噶尔强大，1688年袭击漠北的喀尔喀蒙古。喀尔喀部众降清，移牧漠南。1690年准噶尔又进扰漠南，清兵开始反击，准噶尔败退。1696年破准噶尔于漠北，次年喀尔喀蒙古还牧漠北，漠北遂入版图。套西、青海和硕特蒙古于1688、1698年先后降清。1717年准噶尔夺和硕特部所据西藏，1720年清军护送达赖入藏；准部败退；西藏入清。 1755年平定天山北路准噶尔本部， 未几又叛，1757年再次平定。1759年又平定本在准噶尔统治下乘准部覆灭、图谋独立的天山南路的回部（维吾尔）。于是天山南北路全入版图。至是，17世纪以前的明朝、女真诸部和东西蒙古组成了一个统一的帝国。
18世纪中叶至19世纪中叶，即乾隆中叶至道光初期是清朝疆域极盛时期。道光以后，外来帝国主义势力的入侵，一系列不平等条约的订立，遂使疆土日蹙，这是近代中国疆域变迁的一大特点。
在清太宗时代（1627～1643），自贝加尔湖以东、外兴安岭以南整个黑龙江流域东至库页岛本已收入清朝版图。17世纪40年代清兵主力入关经略汉地，俄罗斯势力乘机侵入这一地区，在石勒喀河北岸原蒙古族茂明安部牧地建尼布楚城（今涅尔琴斯基），在黑龙江北岸原索伦部达斡尔族地建雅克萨城（今阿巴金），甚至到额尔古纳河东岸立寨，作为侵略的据点。清廷在平定台湾、三藩之后才用兵抗击俄军的侵略，1685年攻下了雅克萨。但其时准噶尔势力正在向东扩张，清廷只得放弃尼布楚和石勒喀河流域，于1689年在尼布楚与俄罗斯订约划定中俄东段边界：西面沿额尔古纳河、石勒喀河和格尔必齐河为界，北岸以外兴安岭为界，东面乌第河以南、外兴安岭以北为待议地区。以后俄国人向东发展，待议地区为其所占。19世纪前期（清嘉庆、道光时），俄人侵入外兴安岭。第二次鸦片战争时，俄人强迫清政府订立瑷珲条约（1858），将黑龙江以北、外兴安岭以南的60万平方公里土地割让给俄国（仅瑗珲对岸江东64屯中国仍保留居住权，义和团运动后，亦为其侵占），乌苏里江以东至海的土地改为中俄共管。1860年中俄北京条约又将乌苏里江以东40万平方公里土地也割让给帝俄。唯库页岛自18世纪中叶俄日已分自南北擅自输送囚犯或移民其地，清廷置之不问。但19世纪前期土人仍向三姓副都统（驻今黑龙江依兰）纳贡，自北京条约割弃乌苏里江东岸后，始断绝关系。1875年日俄协议，俄以千岛群岛换日占库页岛南部，遂占有全岛。1905年日俄之战，俄国战败。又割让北纬50°以南于日；1945年二次世界大战日本战败，全岛又归苏联（今俄罗斯）。
17世纪20～30年代，漠南蒙古归附后金。1696年清军大战准噶尔于漠北昭莫多（今蒙古乌兰巴托东南图拉河上游南岸），准噶尔撤退。次年，先后附清的喀尔喀蒙古还牧漠北。此后中俄间遂存在一条蒙古高原与西伯利亚间的边界，但未经划定。1727年中俄订立布连斯奇条约和恰克图条约，规定中俄中段边界东起额尔古纳河、海拉尔河口对岸的阿巴该图界碑，西经恰克图循色楞格河北分水岭和萨彦岭，至沙宾达巴哈山口止。此后遂相沿为清一代北界。辛亥革命后，喀尔喀蒙古独立，唐努乌梁海为沙俄所占领，此线中段、东段至今成为俄蒙边界，西段成为俄罗斯图瓦自治州的北界。
18世纪中叶清廷平定准部、回部时，俄国势力还未到达中亚。当时葱岭（帕米尔）以西诸游牧部族和一些封建小国相继降清，成为藩属�