替换，重新担任福建水师提督。施琅13年前所上《尽陈所见疏》，受到鳌拜的轻视，现在得到了康熙帝的重视。13年前所以不可行，是因为施琅可疑，他的儿子、侄子都在台湾，他本人又是降将，因此他提出的平台方略也就不予考虑。许多事情，可行与不可行，并不在于事情本身是否具有充分的理由，而在于此事由谁提出和由谁来做。康熙帝召施琅于内廷问计，施琅说： “如今卜测天时，揆度人事，郑氏气势决不能再延。”然后详细分析了双方的情况，以及他的用兵之法。康熙帝很是赞赏。
施琅请求给予他专征之权，总督和巡抚只负责后勤给养，不必干预军务，可是朝廷不允。他知道自己仍受到朝廷的怀疑，万一有人打小报告 ，自己还是不容易自我洗刷，他请求皇上派遣身边的侍卫吴启爵，随自己一起去。他任内大臣十三年，深知侍卫与皇帝关系密切，受皇帝信任，可以保护自己，但是兵部不同意这么办，认为如果皇帝的侍卫也发号施令，与当年派太监作监军有什么区别？如此必然贻误军机大事。康熙帝明白施琅的用意，就说： “吴启爵只是一个侍卫，留在京城有什么用处？如果去福建，也可以通消息，就照施琅所请办吧。”并特别设宴为他赴任饯行，以示信任。后来吴启爵在关键时刻往来于福建与北京之间，反映前线战况，沟通君臣的意见，还真起了不小的作用。看来，施琅确是明了君臣关系之奥秘。
施琅与姚启圣在利用风向问题上产生了分歧，因此出师时间迟迟不定。康熙帝召集朝中大臣议事，都认为师期不宜屡变，应限期于夏至以后进取台湾。康熙帝十分开明，对于进兵日期并不作硬性规定，他说： “此事关系重大，施琅身在地方，必然会根据具体情况作出作战计划。”
施琅主张先打澎湖，因为据守澎湖的是郑军主力。他说： “郑军以刘国轩最为骁勇，如果打败刘国轩，台湾可不战而下。”姚启圣主张，他与施琅各率一支船队，同时进取台、澎。这样势必分散兵力。姚启圣虽然颇有才略，但是指挥打仗还是外行，有抢功之嫌。施琅反对两路出击，因为即使集中兵力也未必取胜，何况分散兵力，两路出击？而且这也是不必要的，他正确地估计到，打败刘国轩，台湾可不战而下。两路同时进兵，万一有一路打了败仗，就会影响另一路，使整个战役受挫，那时候，朝廷就要治他的罪了。施琅再上《决计功剿疏》，恳请皇上授以专征之权。他表示： “如果皇上信任臣的愚忠，独任臣讨贼，令督抚二臣催办粮饷接应，使臣整训官兵，不限日期，只要风利可行，臣即督师勇进，一鼓荡平台湾。如若失败，请治臣之罪。”
康熙帝又一次召集群臣商讨。大学士明珠说： “若以一人领兵进剿，可得行其志，两人同往则未免彼此掣肘，诸多不便，所以不必命姚启圣同往，着施琅一人进军，似乎可行。”明珠是首辅大臣，于是众臣们都表示赞成。康熙帝经过反复考虑，认为大臣们的意见很好，就同意由施琅自行进剿。康熙帝能完全信任叛将施琅，可见他既善于识人，也能用人不疑。
在用人问题上，姚启圣、施琅也有分歧，施琅对被姚启圣处罚过的蓝理十分器重，而对姚启圣赏识的朱天贵却不打算使用。兵部不同意施琅重蓝轻朱的意见。康熙帝认为两人皆可用，特旨授二人官职。在后来的海战中，蓝、朱二人均英勇善战，不负厚望。在征剿台湾的准备过程中，各方面意见常常对立，康熙帝能够消除大臣们的偏见，审慎对待不同意见，不独断专行，也不优柔寡断，又颇有知人之明。两位大臣都能做到以大局为重，姚、施二人虽意见不合，但仍然相互合作。姚启圣督办粮饷，保证供给，前经姚启圣所定武弁功罪条例，施琅则照例遵行。有分歧是正常的，求大同存小异，战争的领导者们齐心协力，是战争胜利的基本保证。
康熙二十一年（1682年），施琅会齐各路总兵，宣称利用北风进攻台湾，然而却迟迟不发兵，给台湾造成强大的精神压力，姚启圣趁台湾人心惶惶之时，再次派人前往招抚。在发兵之前，刘国轩忽然遣使议和，但是仍然坚持以前提出的不剃头不登岸的条件不变，还是不承认不服从中央政府，这是双方最后一次谈判。
康熙二十二年（1682年）五月，康熙帝见招抚无效，下令进兵。经过两次激战，郑军主力几乎全军覆没，清军也伤亡数千人，总兵朱天贵阵亡。刘国轩率残兵败将退回台湾，澎湖守军随即投降。康熙帝接到澎湖大捷的战报，非常高兴，立即命令将这个胜利消息，传达给各级官员，并特派一名侍卫赴福建，慰问全部官兵。时恰逢中秋夜，皇上衣锦袍，登楼宴赏，看月宫景物，闻捷报大喜，即脱锦袍赐施琅。又自作一诗，写一手卷，并赐之。
台湾既平，论功行赏独不及蓝理，当时蓝理死战，身被七伤，大肠已流出，裹伤复战。而叙功时，施琅却将蓝理名字删去，因为蓝理刚猛，不肯屈意事人，施琅忌恨他这一点，遂落其名。后来李光地在皇帝面前赞扬蓝理，康熙帝乃接见蓝理并亲自查看他的伤口，既是关心蓝理伤口是否痊愈，也是察臣工是否欺君，并手书“所向无敌”横幅赐蓝理。
这时，姚启圣主张，乘胜直捣台湾。有人主张应诛杀郑军残余，其子女没入军中为奴，以血前恨。黄性震密请保全之，使数万人得以存活。施琅则表示，为国为民不必计较仇怨，只求郑军能不战而降最好。他优待俘虏之后，将他们放回，令其规劝台湾军民来降。被俘郑军感恩不尽，一时台湾军民人心思归。郑军主力既已大部覆没，台湾已是囊中之物，就不必过于着急拿下台湾，其用意无非是少杀伤而多保全。中国人的哲学中有“天时、地利、人和”的观念，战争中的“人和”表现在哪里？就是“网开一面”，不搞“斩尽杀绝”，消灭敌人不是战争的真正目的，只是手段，当可以不杀伤而达到目的时候，又何必再制造伤亡呢？武将不嗜杀，不邀功，才是真智慧，才是真将才。还有一点，那就是中国人的乡土观念也很强，姚启圣是江浙人，对于福建人的伤亡不太介意，而施琅是福建人，战场上拼死搏杀的双方大多为福建人，施琅不忍见到家乡子弟过多的死伤，所以力主招抚，能为家乡父老做一些善事岂不更好？虽然，当初他是坚决主张以武力功剿台湾的。招抚不行当然要用武，可以招抚时，又何必用武呢？当时有人说，施琅回台湾“必报父仇”，施琅则明确表示“断不报仇”。
郑氏集团打算再窜吕宋，重建国家，刘国轩极不赞成。这里也有黄性震的功劳，他潜入台湾，施计离间刘国轩和郑氏集团的关系，由于刘国轩兵权在握，有举足轻重的地位，他不赞成，事情就办不成。不得已，郑克塽派出代表，到澎湖谈判，又提出居留台湾不登岸的要求，被施琅当即拒绝。郑克塽再派人携降表赴澎湖呈缴，不再提居留台湾的条件。
施琅将降表上报朝廷，康熙帝交议政大臣讨论，大臣们认为可以接受，康熙帝也认为，为了防止其再窜外国，又生事端，还是抚之为善。 康熙帝派工部右侍郎苏拜等前往福建，赍送对台湾投降人员颁发的赦诏。施琅前往郑成功庙行告祭之礼。这是安定民心之举，康熙帝南巡时也行祭明太祖朱元璋陵墓的仪式，都是为了安慰汉族人的民族感情。可见施琅不是一般的军事家，他具有政治家的胸襟气度，康熙帝任用施琅征台，可谓得人。
统一台湾之后，放弃还是留守台湾，朝廷内部却有了争议。李光地等人主张放弃台湾。福建总督姚启圣指出，台湾不仅要守，而且决不可拖延。施琅也坚决主张留守台湾，并亲自到台湾做了一番考察，然后向皇帝上《恭陈台湾弃留疏》，备述台湾的战略价值和放弃之后的危害。侍郎苏拜、御史赵士麟、大学士李蔚、王熙也都同意施琅留守台湾的意见。至此，康熙帝表明意见，台湾弃取，所关甚大，弃而不守，尤为不可！
康熙帝下诏设台湾府。姚启圣推荐蒋毓英担任第一任知府。蒋毓英在任内颇有政绩，使台湾的经济、文化得到发展，其政治地位更加重要。蒋毓英三年任满，升按察副使，专门负责管理台湾府事，等于连任三年，他还主持了第一部《台湾府志》的起草工作。
姚启圣、施琅、蒋毓英等人，为台湾的统一和繁荣做出了重大贡献。多年以后，康熙帝仍然念念不忘他们的功绩。 而康熙帝的知人善任，从善如流，也是使他们能够施展才能的一个重要条件。明君贤臣，共同以国事为重， 通力协作，上下同心，军事和招抚手段并用，终使台湾回归祖国，完成了统一大业。先是平定“吴三桂之乱”，后是统一台湾。在这两次战争中，康熙帝放手重用汉将，才取得了战争的胜利。康熙帝的开明大度真是清取天下的运气。
君臣以义合
满族统治者与汉儒联盟，就取得了统治中国的合理性，而依靠汉儒清官治理庞大的帝国，是符合国家最高利益的。君主的贤明与否决定了政府的清廉还是腐败，君主贤明的标志之一是选用有德有才的官吏。这就是君臣以义合。在中国历史上，康熙朝的君臣关系特别能体现这一点。康熙帝服膺理学，以安定民生为做君主的本分，而养民与爱民是要通过官吏去具体实行的事情。所以皇帝的清浊是首要条件，吏治问题又是一个关键的中间环节，两者都事关国运的长久。
清承明制，国家设置六部，以吏部为六部之首。吏部之所以如此重要，在于吏治是民生的保障。康熙帝深刻了解到吏治与民生的因果关系，他说： “自古帝王治理天下，惠育百姓，必先澄清吏治，而后民生得遂。”
吏治的核