二年四月，命左右两冀各立“宗学”一所，捡选宗室四人为正教长，十六人为副教长，分别教习“清”“汉”书。
六月，又命内务府余地一千六百余顷，及入官地二千六百余顷，设立井田，将八旗无产业人，自十六岁以上，六十岁以下者，派往耕种。满洲五十户，蒙古十户，汉军四十户。三年以后，所种公田之谷，再行征取（这件事，他在文书中，便有“共力同养”的要求，如从现在人的观念来讲，等于是他首先实行“共产主义”的试验农场。事实上，可以看出他一步一步对八旗子弟的整肃和管教）。
九月，首先命山西丁银摊入田赋征收。
三年正月，又“遣官于直隶固安县择官地二百顷为井田，命八旗无产之人受耕”。
三月，允朱轼请求，修浙江杭州等府，江南华亭等县海塘，捍御潮汐。
四年二月，定陕两延安府十七州县丁银概从下则，以二钱为率。
四月，命云南通省丁银，摊入田亩内征收。
六月，禁赌，准许吏胥在赌场“所获银钱，不必入官。即赏给拿获之人，以示鼓励”，永为定例。
十二月，两浙盐商输银，照两淮盐义仓之例，于杭州府地方，建仓买米积贮，随时平粜。
五年三月，命江西丁银摊入地亩征收。
四月，除江南徽州、宁国等处伴当世仆名色。谕旨有：“朕以移风易俗为心，凡习俗相沿，不能振拔者，咸与以自新之路。如山西之乐户，浙江之惰民，皆除其贱籍，使为良民，所以励廉耻而广风化也。近闻江南徽州府则有伴当，宁国府则有世仆，本地呼为细民。几与乐户惰民相同。又其其者，如二姓丁户村庄相等，而此姓乃彼姓伴当世仆，凡彼姓有婚丧之事，此姓即往服役。稍有不合，加以箠楚，及讯其仆役起自何时，则皆茫然无考。非有上下之分，不过相沿恶习耳。”故着该督查明除报。
九月，给各省入川逃荒之民，以牛具籽种，令开垦荒地。
十月，命建八旗学舍（督促八旗子弟读书）。减嘉兴、湖州两府额征银十分之一。其谕旨有云：“查各省中赋税之最多者，莫如江南之苏（州）、松（江），浙江之嘉（兴）、湖（州），每府多至数十万两，地方百姓，未免艰于输将。其赋税加重之由，始于明初。以四府之人为张士诚固守，故平定之后，籍（没收）富氏之田，以为官田。按私租为额税。有明二百余年，减复不一……查嘉兴额征银四十七万二千九百余两，湖州额征银三十九万九千九百余两，俱着简十分之一，二府共免银八万七千二百两有奇，永著为例。”
十二月，命江苏、安徽丁银均摊入地亩内征收。
七年三月，命湖广武（汉）、郧（阳）等九府州、武昌等十卫所，丁银摊入地亩内征收。
八年八月，分京师旗庄为八旗，设官分理。“京畿各有庄屯之地方，旗人事务繁多。应以三百里内为一路，分为八路，设官八员，分司办理。”
十一年春正月，命各直省设立书院。
四月，诏在京三品以上官员，及外省督抚，会同学政，荐举博学鸿词，一循康熙十七年故事。
十二年九月，谕各省生童，不许邀约罢考（严禁学生的罢考运动等）。
十月，命陕西督抚确查州县歉收之处，奏请蠲赈。
十三年四月，停旌表烈妇之例（这是解放妇女的德政，免受那些死守习俗三贞九烈的虚名所束缚）。接着乾隆元年并即“谕审案不许株连妇女”，也是步其后尘而立法的好事。
至于历来写历史或小说，描写雍正的严厉残忍手段，大多是以雍正三年，有年羹尧的幕僚汪景祺作《西征随笔》一书；以及雍正四年，名士而兼名宦的礼部侍郎查嗣庭所作的私人日记；和雍正七年，因湖南生员曾静，而祸及吕留良父子家人这三件文字狱的大案，作为罪不可恕的论断。这三件大案，都是有关当时满汉民族之争的问题，其中的是非曲直，善恶因果，颇为复杂，我们姑且不论。如从雍正素来是饭依佛学的禅者立场来说，他当然知道早在两千多年前，释迦牟尼佛已经首先提出泯除民族歧见、国土界别，众生平等的道理。但结果他仍然无法脱离满族祖制家法的立场，采用严刑峻法的手段来处理，可以想见其内心的矛盾和痛苦。因此他便呕心沥血，亲自写作一本《大义觉迷录》来辩说民族平等的问题。这个书在清朝两百多年中，虽然并不受人重视，但它却启发了民国初年五族共和，以及现在各个大小民族共和的国体，应该也算是先声之作了。
虽然如此，雍正总难逃“为德不周，为仁不达”的遗憾。但再退一步来讲，过去古今中外英雄帝王们的统治手法，都会如三国时代刘备说过一句坦白的老实话，那就是“芝兰当门，不得不锄”。有罪无罪，同为一例。所以佛、道两家便教人要知时知量，明哲保身，做为苟全性命，不求闻达，独善其身的规范。但如不幸处在兼善天下的地位上，那就随时会有可能碰上棘手的事，瓦砾黄金，同为废物，即使圣如尧舜，也有殛四凶的记载，孔子也有杀少正卯的故事。雍正虽学佛参禅，当然更不能比于尧舜与孔子，应当受到后世的批评。
大禅师整顿佛教
但做了清朝十三年守成皇帝的雍正，他受当时读书人及后世攻击的真正原因，就是他严格整顿佛教禅林的结果。因为从明朝中叶，王阳明理学一系的兴起，以禅宗明心见性的宗旨归入儒学的知见，以孔孟之教的良知良能作为禅宗开悟的极则。因此，阳明之学的流弊，到明末时期，大都犹如狂禅之流，到处都是。当时便有人嘲笑明末儒家“圣人满街走，贤人多如狗”的情况。那时禅宗的大匠如密云圆悟禅师，虽然望重禅林，但他的出身，犹如唐代的禅宗六祖慧能大师一样，并非儒林名士出家。可是从他求学的人，很多是为了逃避明末的党争，逃禅入佛的学者名士。他有一个名儒削发为僧的弟子法藏，自认是从密云那里开悟得法的高足。因此，一般有进士、举人功名的人，就纷纷归到法藏的门下，从禅宗的习惯，都尊敬简称地为“汉月藏”或“三峰藏”禅师。“三峰”、“汉月”就是他挂褡在江苏的庵名代号。
“汉月”的弟子中学者众多，声势日盛，便有谈禅的专著，阐扬唐宋以后禅宗的五家宗旨，标榜一个“○”（园相）为指标，或说平常着衣吃饭，即知即行等等，就是“当下即是”佛法的禅。其实，给人有法可得、有道可修的作为，早已离禅离佛愈远。这样流传广了，密云大师知道了，大为不然，就著文章来批驳他们。可是“汉月藏”的弟子们不服气，又著书反驳师祖密云。如《雍正语录》所说的《五宗救》、《辟妄》、《辟妄救》等书名，就是这个故事的由来。
但自满清入关以后，“汉月（三峰）”一派的弟子，愈来愈多。其中大部分还是“反清复明”的读书分子，有的以出家为僧作掩护，有的便以居士身份，住在禅林寺院，做为伺机而动的据点。明末有名的诗僧苍雪大师，就与“三峰”及“反清复明”分子有密切的往来，而且以诗文交谊、不涉世务做挡箭牌。苍雪大师遗著《南来堂诗集》，在他唱和的诗中，便有许多明末人物的史料。“汉月藏”一系，后来又专以禅宗五宗的“曹洞宗”相标榜，意在脱离“汉月藏”的传承来自“临济宗”的作用。雍正在王邸的时候，早已开始参禅学佛，和他交往的方外僧人也不少。而且他受章嘉大师的启迪印可以后，对于禅悟，自认为是已经破了三关的大彻大悟者，所以也公然以居士帝王禅师的身份，收出家和尚们做弟子。因此，他对明末清初佛教的禅宗丛林，和蒙藏密宗的教法．其今的利弊得失，以及龙蛇混杂的情形，都弄得非常清楚。
雍正登位以后，便以禅师而兼帝王的立场，大刀阔斧来整顿佛教的禅林，下令尽毁“汉月藏”一派《五宗救》、《辟妄救》等著作，并命“汉月（三峰）”一系的出家僧众，统统要重新改投“临济宗”的门下。在圣旨威严管束的同时，他又声明自已是个明眼宗师，如果有天下老和尚认为他的见地有错误的，尽管进京找他面谈对错，他只以出家衲僧的立场相见，绝不以皇帝的权威压人。总之，要和他讲论佛法，他自认为只是一个禅师或居士而已，并非就以人王之尊的面目相见。可是当时如雍正一样，对于参禅学佛，确实下过一番真参实证功夫的出家人，并不多见，当然便没有像南北朝和唐代的禅师们，一领布衲，芒鞋拄杖，敢在帝王前面潇洒自如地侃侃论辩佛法了。因此，他把几个跟他参禅学佛多年的和尚徒弟，分别派到江、浙及其他省分去做禅寺丛林的住持，并命督抚以下各官照应，做为佛门的护法。如扬州的高旻寺、杭州的净慈寺、嵩山的少林寺等，都是由他派出和尚徒弟，住持整顿。经费由地方财政的赢余中划拔，及募集功德所得，或由皇室支付，统报由雍正自行核定。但从雍正的整饬佛教和禅宗以后，便使中国的禅宗，局限于高旻寺的禅堂之中，只以参一句“念佛是谁”的话头，定为参禅的风规，直到现在。这倒合了一句古话：“良冶之门多钝铁，良医之门多病人。”
但我们需要知道，雍正整顿佛教和禅宗各丛林寺院，从佛法的立场来讲，他是确有正知正见，并非歪缠。但同时也使那些皈依佛门，抱着“反清复明”思想的知识分于，临时冒充参禅学佛的和尚，走投无路，弄假成真了。因此，后来“反清复明”的帮会组织，就
都离不开与佛门有关。可惜过去一般对历史记录的大儒，偏偏固执成见，认为佛、道两教，都是孔子所说的“异端”，从来不关心它与中国政治文化有关系的重要，所以并不深究。尤其对于清史，如入关前后的一百多年中的三四代皇皇，如不了解禅宗和密宗