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不过，这是较次要的原因。虽然古代因为“人治”的习见，对贤君心向往之，但朱棣之不受欢迎，却不可以这样简单地归结到对他们个人品质的爱嫌。
士大夫，或者说儒家官僚，有自己的政治理性。它反映在若干原则上，例如君臣之义，宗法关系，王朝继嗣制度等。这些原则，基于儒家对心目中政治秩序的诉求，关乎它所理解的国家根本和大体，是不可破坏的，具有超乎道德之上的地位，也是优先于道德标准的最高标准。
孔子在世时，即有意识地致力于建立这种秩序，他在七十岁左右的高龄，完成了毕生最后一部著作《春秋》。“《春秋》之义行，则天下乱臣贼子惧焉。”｛34｝此书之作，即为正名分、立褒贬，司马迁评曰“以绳当世”｛35｝，近人则称“儒家政治思想，以《春秋》为最高标准”｛36｝。孔子自己有一句话：“后世知丘者以《春秋》，而罪丘者亦以《春秋》。”对此，经学家刘熙解释为：“知者，行尧舜之道者也。罪者，在王公之位，见贬绝者。”意即《春秋》树立了一个标杆，明确了应该怎么做，和不可以做什么；为此，有人会拥戴，也有人会怨恨。这究竟是什么样的标杆呢？说到底，就是制度，是任何情形下国家政治都不能被侵犯被破坏的礼法———甚至当从道德层面可以得出相反结论的时候。比如暴君被杀，依《春秋》的书法，也仍旧要用“弑”字，不能称“杀”，《春秋·襄公三十一年》曾记“莒人弑其君密州”，这件事，实际上是莒国国君为其人民所共弃，但《春秋》坚持称“弑”，因“弑”字当中，保留了以下犯上的意思，这层意思在孔子看来必须申明，哪怕那暴君已到了“国人皆曰可杀”的地步，国家体统仍是要坚持的。所谓“春秋笔法”，实际上就是借对历史事件的书写，形成评价，建立一套理性的政治原则。例如：吴、楚两国国君已称王，《春秋》仍坚持周天子所予封号，称“子”。公元前6３1年，晋文公很不客气地以霸主身份将周襄王召至河阳、践土（古地名，在今晋豫一带）接受诸侯朝拜，这是严重违反礼法的举动，《春秋》于是记为“天王狩于河阳”，因为“‘以臣召君，不可以训’，故书曰‘狩’”｛37｝。用这种记述方式，捍卫他认为绝不可以动摇的秩序。鲁惠公死后，嫡子（后来的鲁桓公）年幼，因此由继室之子暂摄君位，这就是鲁隐公，《春秋》对此事，很严格地写作“元年，春，王正月”，虽然确实发生了新君即位的事实，但在文字上绝对不用“即位”字眼，只用“元年”来表示发生了执政者的交替，这样死抠字眼，在于强调忠实于程序的合法性。
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伪君子朱棣（12）
这种政治理性，经过一千多年来从汉儒董仲舒到宋儒程颐等的深入阐释，到明代在士大夫心目中已根深蒂固、不容移易，构成他们对于政治合法性的基本概念。
最典型的事件莫过于嘉靖初年那场极激烈的“大礼议”。当时正德皇帝朱厚照死去，无子，由兴献王世子朱厚熜入继，成为嘉靖皇帝。他在当皇帝的第五天就下令讨论生父兴献王的尊号问题，亦即想给父亲追加皇帝名号，一下子引起非常复杂的伦理问题。根据礼法，作为入继者，朱厚熜继承皇位的同时，便自动以孝宗朱祐樘为父（朱厚熜与朱厚照同辈），现在提出给本生父上皇帝尊号，实际上就成为“继统不继嗣”。以我们今人的眼光，可能觉得这种问题无关痛痒，而在当时，却事关皇帝权力由来是否合法的大节。于是由首辅杨廷和带头，满朝士大夫奋起抗争，双方僵持三年之久，最后演变成“左顺门事件”。嘉靖三年七月十五日，自尚书、侍郎至员外郎、主事、司务等二百二十位官员，以相当于现代静坐示威的方式，跪伏在左顺门外，务求皇帝纳谏，嘉靖几次传旨令退去，皆不听，仍跪伏喧呼。嘉靖帝大怒，出手镇压，除当即逮捕一百四十二人外，命四品以上八十六人戴罪听候处理；七月十七日，命所有参与此事的四品以上官员夺去俸禄，五品以下俱处以廷杖，受廷杖者人数达一百八十余人，其中，死于杖下者竟达十七人。
由“大礼议”我们清楚地看到，明朝一般儒家官僚心中对于“合法性”，持着怎样的无法通融的极固执的态度。
朱厚熜是名正言顺做皇帝的，他无非想捎带着把自己的亲生父亲也引入皇帝行列中，尚且招致士大夫阶层的一致抵制。那么，身为颠覆者，凭仗武力推翻合法君主、夺取帝位的朱棣，将面临怎样困难的局面，就更可想而知。
南京被燕王控制以后，大多数忠于朱允炆的人选择了弃官和逃亡，他们用这种办法拒绝与篡权者合作，只有少数人转至各地武装抵抗，但很快都被扑灭。如果跟崇祯皇帝自尽后对满清比较激烈的抵抗相比，这似乎显得平淡。不过其中情形并不相同，明末抵抗是基于亡国之痛，而朱棣篡政说到底是朱姓王朝的“家事”，不合法归不合法，江山终究没有易手。对此，士大夫的祖师爷早就教导过：“邦有道，则仕；邦无道，则可卷而怀之。”｛38｝“天下有道则见【现，指出来做官，参与政治】，无道则隐。”｛39｝“邦无道，富且贵焉，耻也。”｛40｝眼下的情况，大约就属于“无道”罢。所以，跑掉，不合作，躲起来不做这个官，就够了，就足以表明自己对时事的评价了。
此种局面，朱棣事先应该料得到，就不致措手不及。但他未曾料到，愿意与之合作的人是那样少；而且，除了皇室亲贵———这批人因为朱允炆的削藩政策，早就站在朱棣这一边———迎降队伍中头面人物寥寥无几，部长级（尚书衔）只有一个茹瑺，副部级（侍郎）四位，以下都是中低级官员，反观他先后两次开列的“奸臣榜”，吏、户、兵、刑、工、礼部尚书和太常卿、大理寺卿俱在其内，加上一堆侍郎，外带一个皇帝首席顾问、知识分子领袖方孝孺。他更没想到，在大局已定之后，这些人绝大多数仍坚持死硬立场，甚至他做足姿态、给足面子，对方仍不买账。这时，他才真正意识到，撵走朱允炆、在肉体上消灭之是一码事，为自己的行为找到“合法性”是另一码事。
有迹象表明，最初，朱棣是渴望“合法性”的。他愿意事情尽快步入正轨，从篡位者的阴影里摆脱出来。
那个替他策划了整个叛乱夺权计划的智囊人物道衍和尚（姚广孝），早就深谋远虑地忠告过他：进入南京后，当务之急是搞定方孝孺。道理不言而喻：如果连方孝孺且为朱棣所用，以他在士林中的声望，令儒家官僚集团接受既成事实，无疑将变得很容易。朱棣亦深知其意义，捉住方孝孺后，依姚广孝之言，亟假以辞色，结果却大失所望，进而恼羞成怒。《明史》对这一段的描写，细腻可观，如小说一般：
伪君子朱棣（13）
先是，成祖发北平，姚广孝以孝孺为托，曰：“城下之日，彼必不降，幸勿杀之。杀孝孺，天下读书种子绝矣。”成祖颔之。
至是欲使【方孝孺】草诏。召至，悲恸声彻殿陛。
成祖降榻，劳【慰问】曰：“先生毋自苦，予欲法周公辅成王耳。”
孝孺曰：“‘成王’安在？”
成祖曰：“彼自焚死。”
孝孺曰：“何不立‘成王’之子？”
成祖曰：“国赖长君【意指建文之子年幼不足立】。”
孝孺曰：“何不立‘成王’之弟？”
成祖曰：“此朕家事。”顾【示意】左右授笔札，曰：“诏天下，非先生草不可。”
孝孺投笔于地，且哭且骂曰：“死即死耳，诏不可草。”
成祖怒，命磔诸市。｛41｝
方孝孺果然厉害。本来，朱棣摆出礼贤下士姿态，“降榻”亲迎，口称“先生”，很像一位贤明的君主。但方孝孺不吃这套，一意剥掉他的伪装。朱棣因对方是大儒，主动投其所好，顺带也自我表现一下，说起了《周公辅成王》的故事。他实在万不该说这个，不说还罢，一说，则让方孝孺逮个正着。方孝孺抓住此话，就合法性问题向朱棣连连进攻，招招不离后脑勺，朱棣初还勉强抵挡，随即左支右绌，终于辞穷，扔出一句“此朕家事”，放弃讲理。
这场抢白，方孝孺不但明白地告诉朱棣：“你的所作所为，全都非法。”而且连提三问，每一问，都把朱棣逼到死角，让那伪君子的面目大白于众。本来，朱棣希望“转化”方孝孺这么一个士林领袖，以度过“合法性危机”。他让方孝孺“草诏”，方若接受，则不啻承认了他皇帝身份的合法性；而方孝儒的威望，使这一承认比所草之诏的意义更为重大，势将在朝野内外整个精英阶层起到示范作用。然而，方孝孺不但拒绝效命，反就合法性这个最敏感的问题穷追不舍。
方孝孺的态度，让朱棣山穷水尽。他已然认清，自己的行为不可能指望得到正统儒家官僚阶层的接受与认可。于是，一方面，他难免恼怒至极而丧心病狂，另一方面，他确也只剩下一种选择：运用暴力，去强化到手的权柄。
“磔”，是将犯人割肉离骨、断肢体，再割断咽喉的极刑。朱棣这样处死一个读书人，除了发泄极度的仇恨外，显然还包含更冷血的目的，那就是恫吓，希望可让正统儒士胆寒。
这层目的，更由他的进一步措施得到验证。
方孝孺自己被杀（时年四十六）不算，朱棣复诏“诛其九族”，说是“五服之亲，尽皆灭戮”｛42｝。将与方孝孺血缘相近的亲族全部杀光，朱棣犹“怒不已”，闻所未闻地“必欲诛十族”。
所谓“九族”，典出《尚书·尧典》“以亲九族”。历来经学家有不同�