据日本防卫厅资料，日军也受到了细菌武器的伤害，战役后期，日军13军疫病人数突增为前期的五六倍，至战役结束，达10000人。
2000年，克林顿政府为检验美国大城市在生物武器攻击下的防御能力，举办了一系列演习，演习的结果是现代城市不堪细菌武器的攻击，人们在挟持着现代技术并有充分准备的情况下仍然表现出慌乱和不知所措。美国中西部大城市丹佛在假想的鼠疫攻击下，不到一个星期，丹佛以及整个科罗拉多州的卫生医疗体系临近崩溃，大传染病爆发，所有的医疗资源都告急，社会公共卫生系统起到的作用微乎其微，于是只好提前结束演习。迄今为止，对生物武器的攻击，世界上没有任何一个国家敢说能够有办法抵御，能够保证国民无虞。美国这次慌乱就是一例。
但是细菌武器的危害远没有像原子武器一样得到世界的认同，对于六十年前日军在中国犯下的罪恶还没有在事实层面上调查清楚，对于日本政府来说，至今仍然没有承认细菌战犯罪，细菌战犯罪的最核心的秘密还被日本政府深深锁闭着。细菌战还继续上演着揭露与掩盖的较量。
细菌武器——人类至今仍没有完全认识的武器。在剑桥大学出版社出版的《医学伦理学史》第53章中，提出了一个被国际（包括中国和日本的）社会一直忽视了半个世纪之久的细菌战对于人类伦理和道德的挑战。这种对社会集体伦理道德的伤害因为一直被抵赖、被掩盖、被忽略、被遗忘，而没有得到充分的认识和修复，所以它所涉及的一切直指今天的人类生活。
《医学伦理学史》这样写道：
比起纳粹医生在二战中的行径来，日本医生在1932至1945年间所犯下的暴行在邪恶程度上有过之而无不及，但他们并没有因此受到类似纽伦堡那样的审判。美国政府打着国家安全的旗号与石井达成了一笔交易：赦免石井及其相关人员，以换取他们在实验中获取的资料。由于美国人的包庇，这个问题根本没有写进1946至1948年由美国主持的东京远东国际军事法庭的战犯审判日程。那些犯下这些罪行的日本医生，包括石井本人，远没有受到指控或遭到鄙弃，反而得到了日本和美国政府的庇护。靠着在“死亡工厂”进行的人体实验所获得的资料，在战后的日本，这些医生中的许多人得以在日本皇家健康研究所和一些医学院校里担任高级研究员和管理官员的职务，继续从事这个令人崇敬的职业。
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细菌战：一场没有结束的战争（2）
无论如何，日本人的生物战计划和人体实验仍然是“被遗忘的暴行”，更准确地说，是被加害者抵赖、被同谋者掩盖、被国际社会忽略的暴行。日本政府从来没有认真地面对历史，反而对战争和战争犯罪采取了“三不政策”：不承认侵略，不忏悔不道歉，不对受害者做出赔偿。美国政府从未正式地承认曾经包庇日本医生所犯下的战争罪行，更未为此道歉和赔偿。
尽管这些医学暴行与现代医学以及生命伦理学有着显而易见的关系，但长期以来，东亚医学伦理学界乃至整个国际医学伦理学界对此却关注甚少。这与西方对纳粹医学暴行的大量历史和伦理研究相比，反差尤为强烈。半个多世纪以来，这个问题在日本，甚至在中国，都被认为与当代医学和医学伦理学没有什么直接关系。直到二十一世纪初，在中国（包括香港和台湾地区）还没有发表过任何对日本医生的暴行进行深入系统伦理研究的中文成果。医学伦理学在中国大陆几乎所有的医学院校都是一门必修课程，医学伦理学的教材多达数十种。然而，在这些教材中，对这个问题几乎都没有讨论，大多甚至提都没提及到。
细菌战对于人类伦理的伤害的命题在事隔六十年后才被提出来本身就大有深意。认识的缺位导致了整个世界对细菌战的集体冷漠，细菌战被定位为日本民族对中华民族的犯罪，而没有上升到反人类的高度，于是整个人类社会也不可能就细菌战形成共识，人们没能意识到这种杀戮方式一天得不到清算，恶魔就随时随地有重返人间的可能。
追问和思考虽然晚了六十年，但每一个诘问都深沉有力：
是何种历史、社会文化和医学环境导致了〃死亡工厂〃的建立并且让医生们放弃了反抗？
这些暴行给当今的医学伦理学，尤其是东亚（包括中国）的医学伦理学界提出了何种挑战？
借鉴相类似的德国经验，如何从历史中吸取教训？
我们为什么要重提过去的暴行？
美国人在评价这惨无人道的人体实验时为何如此偏袒？
能否用〃那是战争时期〃的观点来为此种暴行辩护并证明医生的行为正当？
“医乃仁术”是东亚医学伦理学的一个核心概念。当医学在日本人的“死亡工厂”里成了民族主义和帝国主义的奴隶后，这显然违背了“医乃仁术”这条植根于儒家思想的古老的东亚医学伦理学准则。
历史表明，最可怕的暴力莫过于国家和集体暴力，而日本医生的非人道试验是20世纪国家和集体暴力的典型例子。这不仅是某些日本人对中国人施暴的例子，更是某些人以非人道的方式对待另外一些人的例子。国家和集体暴力在世界许多地方存在，包括中国。将日本医生的人体实验暴行视为国家和集体暴力的一个典型例子，有助于我们更好地从总体上了解所有反人类的国家和集体暴力，当然也包括发生在20世纪中国的种种国家和集体暴力。
在中国，细菌战是历史也是现实，更是一场持续了六十年的至今还没有结束的战争。
血淋淋的现实，让王选产生了一个关于赔偿基金的想法。细菌战诉讼存在这样一个问题：即使诉讼胜诉，也仅仅是解决那一小部分人的问题。福冈劳工案在上诉到福冈高等法院以后获得了胜诉，这是一个全面的胜诉：即日本公司要道歉和赔偿，一个都不能少。这是很鼓舞人心的一次胜利。当然，这次胜诉也涉及到赔偿的问题，日本公司只会向提起诉讼的劳工进行赔偿，而不可能向全部劳工进行赔偿。那么建立一个赔偿基金就显得尤为重要。即希望通过一种途径，制定一个一揽子解决计划，日本政府和企业拿出一部分资金设立一个赔偿基金，向中国所有的战争受害者进行赔偿。当然，这里需要对受害者的身份进行事实和法律上的确认。
中日战争遗留了什么问题（1）
承认事实，但不赔偿不道歉，这是日本政府一贯以来的态度。细菌战诉讼是这样的结果，几乎所有的对日诉讼都得到了这样的结果。
日本法庭的判决理由有三：
一是“国家无答责”。日本政府主张细菌战诉讼辩护团基于的细菌战违反《关于陆战的法规、惯例的条约》（即《海牙条约》）和《关于在战争中禁止使用窒息性气体、毒性气体或类似气体以及细菌学手段的协定》（即《日内瓦协定》），乃是国家与国家之间缔结的协定，个人不能作为国际法的主体。也就是说，作为个人，国际法中没有明确规定有提出救济的权力。而作为日本的国家的责任，因为1947年日本才有《国家赔偿法》，而细菌战发生在1947年之前，所以不用赔偿。
二是时壁。日本政府认为：“根据日本民法的规定，如果自从发生非法行为起经过二十年，赔偿请愿权应在法律上作废（即二十年忌避期）。”而细菌战发生到诉讼，已经过了二十年期限。
三是日本和亚洲（包括中国）的战争赔偿问题已经解决。
这三条理由成了日本政府以不变应万变的法宝，不管是哪个国家的什么诉讼它都可以躲在这三条理由筑就的堡垒里。
原告辩护团团长土屋公献对日本政府的理由进行了驳斥，他说，我们是站在超越时空的正义的公平的立场，期待着有良心和勇气的判决。但判决并没有达到我们所期待的最高目标，这不仅使我们大失所望，而且激起了原告以及中国人民的极大愤恨。他认为“法庭使用陈旧的法律理论并固执已见，缺乏以正义、公平为依据的主见”。
诉讼团在再次确定上诉之前制定了努力的目标。
第一、通过胜诉告慰受害者的在天之灵，恢复其被践踏的尊严，同时唤起日本政府的反省。通过使其真诚的谢罪和实施对受害者个人的赔偿，恢复中国以及亚洲人民对日本的信赖，这才是谋求和平、实现友好关系的条件；通过公开审判，可以弄清楚过去被掩盖的历史真相。同时，通过旁听者和传媒的对外宣传，纠正错误的历史认识；通过法庭做出的有良心和勇气的判决，可以认识日本司法的健全性和法庭的正义性。一旦（日本）国家司法机关经过证据调查对细菌战的事实进行认定，这一认定就具有绝对的权威，以后任何人也不能否定、歪曲和掩盖事实真相。
日本为什么可以不道歉不赔偿，为什么可以不理会亚洲人民清算战争遗留问题的呼声？
细菌战一审判决败诉后，世界的各大媒体都发出了声音。
2002年8月29日《朝日新闻》发表题为《不去正视历史就能解决问题吗》的社论，社论说：
通过国家对731部队细菌战诉讼所持的态度，再次深深的感到我们日本人必须马上停止无视过去历史事实的行为。
围绕731部队于第二次世界大战中在中国大陆实施的细菌战，东京地方法院在驳回了中国的原告们要求日本国政府进行赔偿的诉讼请求的同时，在判决中也将细菌战作为历史事实给予了认定。这在司法判决上尚属首次。
然而奇怪的是，对于731部队是否展开了细菌战的问题，政府却既没肯定也没有否定。而是将事实是否存在问题搁置起来，在诉讼中始终坚持了日本没有赔偿责任的法律意见。
直到现在政府还在国会中坚持：“没有能�