命汤和等帅师讨方国珍遁入海岛。上复命廖永忠帅师，自海道讨之。国珍惶惧，遂与弟国珉等率家属降，浙东悉平。上遂命汤和、廖永忠等助取闽。
李善长等奉表劝进。上曰：“恐德薄不足以当尊。”善长等固请，乃从之。洪武元年，戊申正月，上即皇帝位。定有天下之号曰大明，建元洪武。追尊四代祖考妣皆为帝后，立妃马氏为皇后。上初渡江时，后谓上曰：“今豪杰并争，虽未知天命所在，然以妾观之，惟以不杀人为本，人心所归，即天命之所在。”上深然之。又尝于仓卒中，宁自忍饥饿，怀糗饵以食上。
又上为郭氏所疑，后于内消释宽解之，得免于难。上甚贤之。
立世子标为皇太子，以李善长为左丞相，徐达为右丞相。自壬辰投军，至即位，凡十七年，而帝业成矣。定律令，颁戊申历。
上所居新宫，初建时，上命去其雕琢奇丽者，制皆朴素，命书古人行事，可为法为戒者于壁，又命书《大学衍义》于两庑。
诏衣冠悉如唐制，而稍更之，定郊社稷宗庙之礼。定卫所官军及将帅领兵之法：凡有事出征，则诏总兵官佩将印领之；既还，则上将印，官兵各回本卫，大将军身还第。禁宦官不得预政典兵，读书识字。
却说汤和、廖永忠等助取闽，进兵延平，遣使谕元福州平章陈友定使降。友定不从。和等进攻福州，元参政文殊海牙以城降，执陈友定，械送京师。胡廷瑞等进兵克兴化，元汀州路守将陈国珍纳款，于是郡县相继降附，福建悉平。命廖永忠为征南将军，朱亮祖副之，由海道以取广东。俟广东既定，即移师助取广西，斩元尚书普颜帖木儿等，诸州县相继降，进攻平乐府。杨璟等克全州，引兵攻靖江，元平章也儿吉尼督众坚守。
朱亮祖等亦自平乐来会，攻城益急，也儿吉尼仓皇出走，追执之。廖永忠等兵次南宁，元千户宋真执其守将平章咬住等以降，广西悉平。徐达等出师北伐，既平山东、河南，率师至通州，元主北遁。元都既平，徐达、常遇春等进取山西路，适汤和、杨璟等南征还，上命汤和杨璟俱为偏将军，引兵助徐达等进取山西，又调副将军冯胜帅师由河南进征山西，所过郡县多降。
时扩廓帖木儿以元主命，率师出太原取道保安径，由居庸关进攻北平。徐达等乘虚进兵，直取太原。扩廓帖木儿闻之，还兵来救，其锋甚锐。傅友德、薛显率敢死士击却之。敌军营于城西，廓英、常遇春请夜却之，会扩廓将豁鼻马潜，使人约降，请为内应。达大喜，遂与订期，乘夜袭之，内外夹攻，敌兵大乱。扩廓帖木儿闻变仓卒，跣一足急逾帐后，从十八骑遁去，遂克太原。其猗氏平阳等处皆降。徐达克河中府，遂会诸将取陕西，造浮桥，攻西安府。元平章王武率官属军民降。达遂遣冯胜，进取凤翔，李思齐率所部奔临洮。徐达进兵陇州、秦州及巩昌，乃遣冯胜统兵进逼临洮。李思齐穷迫，遂举城降。大军围庆阳，王保保率兵来援，为明师所扼，不得至，庆阳城破，张良臣投井中，引出斩之。庆阳平，并下平凉，王保保贺宗哲皆北遁，陕西悉平。徐达等班师还京师。
上封子九人为王，大封功臣，为公侯伯有差，死者肖像祀之。置六部官，以分理庶务。放元宫人，旁求隐逸及孝弟力田、贤良方正文学之士。建大本堂，命取古今图籍充其中，延儒臣教授太子诸王。以孔希学袭封衍圣公，孔希大为曲阜县知县。
亲耕借田，免输天下各处田租。未几，又统免天下田租。命皇后亲蚕。命翰林为文，无事浮藻。禁四六文辞。诏天下郡县皆立学。群臣亲老者许归养。天下大定，惟伪夏主明升。尚据巴蜀。洪武四年正月，上命汤和为征西将军，同杨璟、廖永忠、周德兴、曹良臣等，率舟师自荆湘，由瞿塘趋重庆；傅友德为征虏将军，同顾时、陈德、汪兴祖等，率骑自陕西，由秦陇趋成都。太祖密渝友德曰：“蜀人闻吾西伐，必悉其精锐东守瞿塘，北阻金牛，若出其不意，直捣阶、文，门户既隳，腹心自溃。”友德顿首受命。傅友德进兵，扬言出金牛直捣阶、文。
连战克阶、文、绵、汉四州。廖永忠乃与汤和分道并进，约会重庆府。永忠师行，沿江州县望风奔附，乘胜抵重庆。明升君臣大惧。其臣刘仁劝升奔成都。母彭氏曰：“事势如此，纵往成都，不过延命旦夕，何益？不如降也。”升遂面缚衔璧奉表降。蜀地悉平。明升至京师，上封为归义侯。遣使祭历代帝王陵寝。置通政使，禁奏事，不许关白中书。纵苑中禽兽，惟以虎缚送光禄寺。禁僧道闲游，无度牒者，不许越境。每县只许存寺观一所，月具结，男女非年过四十者，不许为僧尼。定大明律法。
上欲相胡惟庸，刘基力言其不可，勿听，竟相惟庸。惟庸谗刘基，上夺刘基禄，基遂留京师。胡惟庸欲谋乱，忌基，鸩杀之。十三年丞相胡惟庸谋逆，诳言所居井涌沣泉，邀上往观。
乘舆将出，内侍云奇知其谋，勒马言状，气方勃舌，不能达意，上怒其不敬，左右挝捶乱下，奇垂毙，尚手指贼臣第，弗为痛缩。上方悟，登城眺察，见惟庸第内兵甲伏屏帷间数匝。上亟返。遣兵围其第，罪人一一就缚，悉诛之。上召云奇，死矣，深悼之，追封右少监，赐葬钟山。胡惟庸辞连李善长，上赦之。
宋濂、孙宋慎，坐党逆被刑，籍其家，械濂至京师。上怒，欲诛之。皇后谏曰：“宋濂亲教太子、诸王书，岂若是恝？况濂致仕家居，必不知。”上乃使宋慎茂州安置，至夔州卒。胡惟庸死，上乃思刘基，以基孙封为诚意伯。
时天下已定，惟元梁王把匝刺瓦尔密据云南，杀信使。十四年九月，上命颖川侯傅友德为征南将军，永昌侯兰玉、西平侯沐英为副将军，帅师三十万，以征云南，上饯于龙江，授以成算，旌旗蔽江而上。友德至湖广，分遣都督郭英等帅兵五万，由四川趋乌撒。友德等帅大兵，由辰沅趋贵州。友德等师至普安，元梁王把匝刺瓦尔密，遣平章达里麻，将精兵十余万，屯曲靖，以拒明师。而兵方到，友德倍道疾趋，出其不意，径至曲靖，忽大雾四塞，冲雾而行，阻水已临白石江矣。顷之雾霁，达里麻望见大惊。友德欲济，沐英曰“不可。”乃整军临流欲济，潜遣数十百人从下流渡，出其后，于山谷间鸣金鼓树旗帜，为疑军，达里麻急撒众御之，沐英乃拔剑督师济江。元阵动，明师奋击，大破之，生擒达里麻，遂平曲靖。友德分遣兰玉、沐英帅师趋云南，而自以众数万向乌撒，为郭英等声援。把匝刺瓦尔密闻达里麻败，弃城走，驱妻子俱赴滇池而死。兰玉、沐英等师至云南，元右丞观音保出降，云南平。自出师至平云南，仅百余日。云南平后，上召傅友德班师，沐英留镇云南。
沐英，定远人，上初起兵时，养以为子，故命之留守。
命天下朝觐官，各举所知一人。遣使求经明行修之士。江夏秀士曾泰，有学行，上以为户部尚书。皇后马氏崩。后性恭俭宽仁，每劝上积德，不可枉杀人，上甚贤之。及崩，上终身不立后。诏选高僧，分侍诸王。有僧道衍者，姓姚，名广孝，苏州人。幼出家，改名道衍，字斯道，好读书，工诗文，遇异人傅信。能预知人休咎。文皇在燕邸，广孝自请于燕王曰：“殿下若能用臣，臣当奉白帽子与大王戴。”至是燕王自求广孝于上，许之。遣御史录囚于诸省。颁行科举成式。定生员巾服之制，上亲视，必求典雅，凡三易其制，始定斓衫。诏公侯各还乡，赐赉有差。时帝大杀京民之怨逆者，李善长请免其戚数人，上大怒，遂赐死。上命大将军兰玉征沙漠，兰玉深入，至捕鱼儿海，侦知元主营在海东八十里，遂乘风沙，直薄其营。元主惊遁，玉追千余里，不及而还。获元主次子地保奴及后妃公主一百三十余人。又获吴王朵儿只等将相官校三十人，男女七万，马驼五万。上大悦，下玺书褒之。玉奸淫元主妃，秋七月师还，上闻其事，切责之。
二十五年，皇太子标崩，谥曰懿文太子，甚有贤行。及崩，以嫡孙允枚为皇太孙。凉国公兰玉恃功横暴，以上数裁抑之，乃聚甲士家奴，伏甲将为变。事觉，磔玉于市，夷其族。一时公侯大吏以至偏裨将卒，坐党论死者二万余人，并前胡惟庸党，前后所诛共四万余人。又帝因元宵灯谜画一妇人，手怀西瓜，乘马，而马后脚甚大。上曰：“彼以皇后为戏谑，盖言淮西妇，马后脚大也。”乃大杀京民之不守本分者。又尝微行，遇一老妪，呼帝为老头儿，乃大杀京民之怨逆者。二次所杀，又数万人。
此外以疑似诛杀者甚众。呜呼！亦惨矣哉！
帝聪明睿知，神武性成，收揽英雄，平定四海，纳谏如流，求贤若渴。重农桑，兴礼乐，褒节义，崇教化，制度咸宜，近古以来，未之有也。然性严明，果于诛杀，一时开国元勋鲜克令终，此则其所短也。在位三十一年，戊寅闰五月，帝崩，寿七十一岁。太孙允枚即位，是为建文皇帝。以遗诏，遣使诸王入临。上皇祖考谥曰钦明启运峻德成功统天大孝高皇帝，庙号太祖。尊母吕氏为皇太后，追尊父懿文太子为兴宗孝康皇帝。诏行三年之丧，而不废政事。卓敬密秦裁抑宗藩，疏入不报。
于是燕、周、齐、湘、代、岷诸王，颇相煽动。齐泰黄了澄首建削夺之义，齐泰欲先削燕，黄子澄请先削其党。乃命李景隆至河南，执周王橚及其世子妃嫔送京师，削爵为庶人，迁之云南。燕王见周王被执，遂简壮士为护卫，以钩逃军为名，致招异人术士。浙江鄞人袁珙，善相术，道衍尝游嵩山佛寺，遇珙，珙相之曰：“宁盘胖和尚乃尔耶？目三角彯白，形如病虎，性必嗜杀，他日刘秉忠之流也。”衍大喜，至是荐珙于燕王。王使召之至燕，使人与饮于酒肆，王易服杂卫士中