藏逃人，处死籍没，还要罪及邻居和地方官员。
屠城。城镇百姓如不顺从清王朝，敢于抵抗的，破城之后，大杀百姓。有名的有“扬州七日”，“嘉定三屠”，此外还有江阴之屠、苏州之屠、宁都之屠等。
圈地后，大量汉人失去土地，流落他乡或沦为庄田的农奴。剃发令迫使汉民改变几千年的习俗，引起愤怒和反抗。投充法使人心惶惶，在各地引起巨大骚动。逃人法使人人自危，严重地破坏了生产力，加深了人民的灾难，激化了民族矛盾。屠城，残害百姓，惨绝人寰，只能激起汉人的民族仇恨。清末辛亥革命的同盟会把“驱逐鞑虏，恢复中华”作为口号，与清初五大弊政留给汉民的惨痛和仇恨不无关系。
皇权的集中
历代封建王朝都集中皇权，清朝也一样，从皇太极起就开始集中皇权，到雍正朝集权达到了极点。
清朝统治者集中皇权手法多。
雍正朝的密折皇太极首先设总管旗务大臣一人，加强对八旗的控制。第二，打击代善、阿敏、莽古尔泰，变四大贝勒南面为他个人南面。第三，把正黄、镶黄、正蓝三旗收在自己的麾下，取得了汗对诸贝勒的绝对优势。第四，原来六部由贝勒管，改为归他个人管。
多尔衮摄政期间，把皇权集中推向新阶段。他首先采取的措施是削弱诸王的权力。济尔哈朗本来也是摄政王，顺治四年为他所罢。肃亲王豪格在顺治五年为他幽禁致死。与此同时他却扩大亲属权力。他与胞兄阿济格、多铎掌握两白旗和正蓝旗，还拉拢两黄旗。多尔衮摄政期间制定职官制度，规定六部长官，各部院的长官直接听命于皇帝，对地方没有命令权，地方督抚必须奉旨行事，使皇权对督抚形成遥控。此外在政权机关中实行多元多轨制，同一职权由两个机构掌握，任何一个机构不能独主，从而使大权掌握于皇帝手中。
顺治亲政后首先削去多尔衮尊号，囚禁其兄阿济格，掌握两黄旗与正白旗。
康熙幼年即位，由索尼、苏克萨哈、遏必隆和鳌拜4大臣辅政。鳌拜不把康熙放在眼里，专横跋扈。康熙八年，康熙帝逮捕鳌拜，排除障碍，集中皇权。
这以后，皇权的集中则通过改变中枢机构来实现。到雍正朝，中央集权达到极点。
清初辅佐皇帝的中枢机构先后有四个，随其变迁皇权越来越集中。
第一个是议政王大臣会议。议政王大臣会议是清朝初年贵族预国参政的政治制度。明万历四十三年（1615），努尔哈赤理政听讼五大臣（费英东、额亦都、何和礼、扈尔汉、安费扬古）与都堂（亦称扎尔固齐）10人佐理国事，与诸贝勒共议国事。后来，议政的人扩大范围。天命七年（1622）三月，皇子8人和硕贝勒共议国政。十一年九月，总管旗务的八大臣参与议政。又于八大臣之下每旗设理事听讼大臣2人，是为16大臣。崇德二年（1637）规定每旗设议政大臣3人，议政大臣就有24名，议政王大臣会议正式成立，从而确定了议政王大臣会议为中央辅政机关。清廷入关后，议政王大臣会议有所发展。顺治元年，内廷设议政处。后来吸收范文程、宁完我这些汉族大臣为议政大臣。顺治帝执政初年，仍由议政王大臣会议决策。由于后来南书房和军机处的设立，议政王大臣会议职权减小，乾隆五十六年废止。咸丰十一年，奕䜣又封为议政王，四年被取消。
内阁这个名称起初是三国时魏国的秘书署，明朝用为政务中枢机构名称。内阁的职责是“掌献替可否，奉陈规诲，点检题奏，票拟批答。”“献替可否，奉陈规诲”就是对君主劝善规过，进行开导。“点检题奏，票拟批答”就是研究各机关和大臣呈送皇帝的题本和奏本，草拟批文供皇帝参考。顺治十五年，承袭明制，把始于皇太极时期的内三院改名为内阁。清内阁设在午门内东南角，门朝西。入门，西为满本堂，东为汉本堂。两堂之北有一门。入门，有大学士直舍3间。堂上悬乾隆御笔“调元和气”4字。堂外有匾，上镌“机密重地，一应官员不许入内”字样。
内阁设大学士、协办大学士、学士，俱复职，满汉分授。大学士依明制带殿阁衔，因而有保和殿大学士、文华殿大学士、武英殿大学士、文渊阁大学士、东阁大学士、体仁殿大学士之名。大学士为正二品，比明朝大学士地位高，明朝大学士，秩皆正五品。大学士名为“赞理机务”，“表率百官”，其实只是给题本、奏本做票拟而已。军国大事，是议政王大臣会议议定，最后由皇帝决定。
第三是南书房。议政王大臣会议有碍皇权的发挥。康熙亲政后，便以设南书房的措施削弱议政王大臣会议权力。南书房本来是康熙帝读书写字的地方，在乾清宫西南角。康熙十二年三藩乱起，军事事务骤增，为方便军事指挥，十六年（1677）开始选调翰林入书房当值。这些人叫南书房行走（行走就是入值办事），职位相当宰相。首批入值者有张英、高士奇。他们除陪伴皇帝读书写字外，还代皇帝发布命令，成为康熙帝的秘书班子，削弱了议政王大臣会议权力，而加强了皇权。
第四设立军机处。军机处原名“办理军机处”，初为适应西北用兵需要而设于雍正七年（1729）。第二年，改名军机处，全名“办理军机事务处”，考虑到内阁非僻静之处，易泄密，便设在接近雍正帝住处的隆宗门内。长官是军机大臣，由亲王、大学士、尚书、侍郎或京堂（京堂指3、4品的高官）担任。下设军机章京。
军机处的职责，起初是只管军事，后来参与机密，商讨大计，成为“军国大计，罔不总揽”的“执政之府”。军机处的成立使皇权集中达到颠峰。“向来军机大臣，事事先面奉谕旨，办驳可否，悉经钦定，始行拟旨进呈；其有不合圣意者，朱笔改正。”
军机处有三大特点。一是人手少。军机处无定员，一般是38人。二是办事快。当日事当日毕。递送上谕，有明发与廷寄两种。直接交兵部驰寄叫廷寄，先交内阁然后传各部叫明发。三是守机密。一因衙门隐蔽，不受干扰；二因保密措施好，用印有监视，三因军机大臣与章京不与外人接近。
军机处设立后，南书房不再参与机务，专管字画。军机处在乾隆元年曾改名总理处，不久又恢复。宣统三年四月，军机处在设新内阁时裁撤。
军机处值房军机处的成立，就有了直属皇帝处理军国大计的常设核心机构，议政王大臣会议被撇在一边并废于乾隆五十六年（1791），借此皇权独尊的专制制度最后形成。
中央集权还有密折一途：官员向皇帝递折子，秘密报告各种秘密下情。发明这种方法的是康熙。康熙末年江宁职造曹寅和苏州职造李煦受命康熙刺探江南动静。康熙四十八年十月初二，康熙批复李煦《请安折》说：“近日闻得南方有许多闲言，无中生有，议论大小事。朕无人可以托人打听，尔等受恩深重，但有所闻，道光皇帝的建储秘诏可以亲手书折奏闻才好。此语断不可叫人知道。”李煦后来为康熙帝提供了一念和尚在太仓起义的情况，浙江四明山地区农民起义的情况和原户部尚书王鸿绪等人在籍议论太子废而复立以及康熙五十年江南科考舞弊案等等。以奏折向皇帝言事的人后来从心腹扩大到在京大臣和地方督抚。康熙五十一年（1721）正月，康熙帝向在朝领侍卫内大臣、大学士、都统、尚书、副都御使发了一道上谕，说自己年事已高，不见不闻之事很多。虽有言官，但瞻顾缄默，因此需要他们把所见所闻开列陈奏。雍正帝更重视密折奏事。为了考察和监督官吏，他将可以密折奏事的范围扩大到布政使、按察使、学政，乃至知府、同知。密折在乾隆朝一度停止，嘉庆朝恢复。
皇权在晚清受到削弱。同光时期，曾国藩系统的督抚大增，中央集权受到削弱。清王朝曾采取过措施集权，但并不成功。
对蒙古、东北、西北边疆地区的统治
清朝对少数民族所居住的边疆地区的管理十分成功，周总理曾说：“清代以前，不管是明、宋、唐、汉各朝，都没有清朝那样统一。”①清朝对西南地区的管理实行改土归流，对蒙古、东北、西北边疆地区的统治和管理采取如下措施。
一、设军事行政机构管辖
清朝对这些地方的统治、管理与一般行省不同，不设督抚，都实行军府制，由将军率八旗驻防。
东北是清朝龙兴之地，而沙俄在顺治、康熙朝就曾把侵略的触角伸到黑龙江流域，清朝统治者对这里十分重视，在这里实行军府制，分设盛京将军、吉林将军和黑龙江将军，兼军政和民政两个方面。多处筑城，设立总管和副都统，驻有重兵4万，而内地各省驻防仅一万六。
内外蒙古实行盟旗制度。这种制度首先在内蒙古实行，后来推行到外蒙古、新疆、青海等蒙古族居住地区。旗制有似八旗制度，是政权组织又是军事组织和社会组织。盟由数旗组成。每旗由清廷从本旗王公、太吉或塔布囊内任命旗长一人掌管旗务、再加上协理台吉23人协办旗务。此外还设管旗章京一人统管一旗之事，副章京一至二人分管一旗之事。内外蒙古同时也实行军府制。内蒙古设察哈尔都统、热河都统、绥远城将军，外蒙古设乌里雅苏台将军和科布多参赞大臣。绥远、张家口驻兵二万多，畿辅、热河及陵寝围场驻兵一万七。
西北地区的新疆行政因民族杂居，故行政制度不一，乌鲁木齐、巴里冲等地实行郡县制，蒙古族住的地方实行盟旗制，天山南路实行伯克制。②整个西北地区也实行军府制，设伊犁将军，西北驻防八旗兵一万八千。
清朝从皇太极时起就设�