“积习沉痼已久，非痛惩不能挽也。”这是他在改革中所持的思想，不幸的是，他把这种思想也带进了痔疮治疗上来。在床上痛苦了三个月后，万历十年的三月，他命令医生将自己的痔疮割除。就如他的改革一样，从根上祛除，连根拔起。
他把割除痔疮也当成了一项改革，但这项改革却立刻失败了。从手术后，他就永远地待在了床上，一直到死。他曾上疏万历帝说：“我的痔疮虽然根除了，但血气大损，数日以来，脾胃虚弱，吃不下喝不下，四肢无力，寸步难移……”
由此看来，病的大小或多或少地要因人而异。张居正性格中的果决、务实和意识中的“斩草除根”，让他毅然决然地选择了中医为其做西医的外科手术。
除了性格因素让他这样做之外，当时的形势也要求他不得不这样做。经过十年的改革，大明王朝俨然生机勃勃。而在王朝茂盛的背影下，张居正自身的未来已堪忧。
在他被痔疮烦恼、痛苦的时候，一直支持他的李太后已要“隐退”，好兄弟大太监冯保被众官弹劾而身危，权力铁三角已然欲崩溃！而且，昔日操控于掌上的小万历已成长为大人，反对派们更是蠢蠢欲动。在这样的形势下，他绝不能让自己因为一个痔疮而整日躺在床上。自己掌握的十年大权看似牢固不可破，但如果不亲自行使，这权力不过就是万历皇帝给自己扎的一只纸老虎而已。
事实也的确如此，他死后不久，就遭到了万历对他的清算。他死了，永远也不知道身后到底发生了什么事。他似乎永远也不知道自己除了给大明朝留下了几十年的寿命外，还留下了一个万历皇帝。如果他泉下有知，他绝不会对万历念错的一个字而大声呵斥；如果他泉下有知，他绝不会对万历管束甚严，以至于把万历管教成了一个后来龟缩在皇宫里的瘪三。
早在张居正当国时，万历就对这位张先生与冯保对自己的严加管教而愤愤不平。但他绝不敢跟张居正发脾气，他的目标是张居正最好的朋友冯保。
后来首辅申时行的长子跟别人谈到一件事，从这件事上，我们就可以看出后来冯保与张居正的下场之惨不足为奇了。有一天，万历讲读完毕，兴致大发，书写大字赏赐辅臣以及九卿等。冯保在一旁伺候。突然，万历以笔饱蘸墨水猛地向冯保的大红衣衫掷去。冯保根本就想不到会有此等事发生，先是一怒，接着就惊愕万分，在一旁的张居正也脸色大变。而万历却若无其事地书写完毕，起身回乾清宫了。
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张居正之死（2）
阳世似乎跟张居正开了一个玩笑，他苦心“经营”的一个小皇帝到后来却成了天下无二的懒虫。他精心编撰的《帝鉴图说》成了一堆废纸。他不惜得罪天下人而缔造的改革基业灰飞烟灭。他在三朝的忧患意识换来的却是死后差点被挖尸。
万历八年（1580年），当他丈量完毕全国土地数量时，数目之大让他不敢相信自己的眼睛。万历十年（1582年），当他闭上眼睛的那一刻，他是否能相信万历对他的尸体所做的一切？！
学者黄仁宇曾感叹说“世间已无张居正”。倘若这是一副对联的上联，那么下联应该就是“大明从此逝人间”。当我们看到万历在张居正死后的所作所为，我们就会对这副对联感慨万千，并加以肯定。张居正的死并不仅仅是他躯体的消失和改革业绩的被彻底否定，他的死导致了一个最严重的后果，那就是给大明帝国留下了一个精神吸毒犯——万历皇帝。
万历：一个精神上的吸毒犯（1）
万历十七年（1589年）十二月，万历皇帝在深宫里接到了大理寺左评事雒于仁的奏折，奏折中大肆批评他纵情于酒、色、财、气，并献“四箴”，希望他能对自己的行为进行检讨并加以改正。一个小小的左评事居然对皇帝私生活大加干涉，万历大发雷霆，叫来当时的首辅大学士申时行，发誓一定要严惩此人。
申时行却摇头道：“如果陛下定要处置雒于仁，就必须将他的上疏公布于众，这无疑是承认雒于仁的批评是确有其事，臣民们会信以为真的。”
万历仍旧气愤不过，他指着雒于仁的上疏为自己辩解道：“他说朕好酒，请问谁人不饮酒？还说朕好色，偏宠贵妃郑氏。这是怎么说？朕只因郑氏勤劳，朕每至一宫，她必相随。朝夕间她独小心侍奉，委的勤劳。他说朕爱财，朕为天子，富有四海之内，普天之下，莫非王土，天下之财皆朕之财。我爱与不爱又有什么区别？他说我经常生气打人，请问，人孰无气，且如先生每也有僮仆家人，难道更不责治？”
在申时行面前辩解了一通后，他又安静下来，虽然不能严厉惩治雒于仁，但就这样放过这个干涉自己私生活的人，于心不甘。虽然，自己深处深宫，不理朝政，可自己还是皇帝。皇帝的权威，包括私生活是神圣不可干涉的。就这样，雒于仁还是被革职为民。
雒于仁的上疏虽然直指万历私生活的弊端，但归根结底，无论是当时在场的申时行还是万历，大概都明白，雒于仁其实是想告诉万历皇帝，您老怠政已好多年了。
万历怠政之表现主要有不上朝、不按照规定接见大学士、不面见大臣商讨国事、不亲行时享太庙、不搞经筵日讲、不及时处理大臣的奏疏等。这就是后来被历史学家们称为断头政治的具体特点，万历是他祖宗嘉靖、隆庆的不理朝政的集大成者，是这位明朝在位时间最长的神宗把断头政治推到巅峰，直接导致大明的跌落谷底。
但万历与他两个祖宗实在不能相提并论，嘉靖怠政，是因为他要炼丹；隆庆怠政，是因为他想无为而治。可万历的怠政让我们实在想不出什么理由来，如果一定要找个理由，那只能是：他就是不理朝政。
在雒于仁上疏的三年前，也就是万历十四年（1586年）九月十六日，万历开始了他的第一次怠政，他连续至少有十天不上朝，这月的二十八日，他告诉内阁，前几天上朝，大概是起得太早的缘故，头晕眼黑，力乏不兴，我得静养一段时间。至于孟冬时享太庙，就由别人代替我去吧。
礼部主事卢洪春知道此事后，上疏万历，先是安慰了皇帝要好好养病，说得很诚恳，但最后，他却来了一句，如果您真有病的话。
跟三年后听到雒于仁说他沾染了酒色财气时一样，万历大怒：我受祖宗所托，主持帝国事宜，一旦因为病而归天，如何对得起祖宗。然后，提到正题，姓卢的你肆言沽名，诬上惑众，廷杖六十，革职为民，永不叙用。
这是他第一次以身体为由不上朝，这次怠政一直延续到这一年的十一月三日，三日这天，他到了京郊祈天保佑大明万世永存。
也许，被廷杖的卢洪春的确是冤枉了万历，他在那一段时间很可能是真的身体不好，起床太早，就会头晕眼花。但是，让我们想不明白的是，一个人被冤枉了一次，难道就有理由去执行冤枉的内容吗？
也就是从卢洪春被廷杖以后，万历就真的开始怠政了。首要表现就是不怎么上朝了，元旦的朝贺也取消了，到了万历十七年（1589年），专门接见大学士的礼仪也被他忽略了。
万历十七年（1589年）三月，距雒于仁的上疏还有九个月的时候，大学士申时行建议，将升授官于视朝时面见皇帝谢恩的制度，改为“如免朝三次”，即可不必等候，仅“具疏奏知”了事。对万历来讲，这真是一件从天上掉下来的好事，他可以减轻了不上朝所面临的压力。也就是从这以后，万历怠政开始了。特别是雒于仁干预他私生活以后，也就是万历十七年以后，这种怠政情况更加严重起来。
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万历：一个精神上的吸毒犯（2）
接下来的事情，就让我们看到了一个精神上的吸毒犯在幕后的表演。
万历十七年（1589年）春，亲行享太庙。这是他最后一次亲行享太庙。
万历十八年（1590年）正月初一，他自称“腰痛脚软，行立不便”，元旦朝贺取消。
万历二十年（1592年）七月，对着满桌子的关于平叛鞑靼人希望皇帝能御朝商议对策的奏疏，万历只回了两个字：不报。
万历二十四年（1596年）四月，因抗倭援朝之役事关重大，内阁大学士提出要面见万历，万历给出的回答是：我最近头晕，一直在吃药，不能见外人。
万历三十七年（1609年），针对万历皇帝不处理大臣奏疏的事情，有大臣仰天长叹：“一事之请，难于拔山，一疏之行，旷然经岁。”而万历皇帝龟缩在深宫里，对着御前堆积如山的奏疏，面色平静。
当万历连大臣们的奏章也不批复时，就导致了一种很严重的后果——官员缺席。因为按照明朝朱元璋制订的制度，明朝的皇帝是政府的唯一决策者。一旦他不愿处置但又不轻易授权于太监或大臣时，整个文官政府的运转就可能陷于停顿。一旦停顿下来，士大夫不肯吃闲饭的骨气就会让他们觉得所事非明君或者是觉得拿着朝廷的俸禄而没有做任何事很不好意思。另外，官员们的升转也有年限，这个年限一过，他们忽然发现自己还没有被升，自己还在这个任上，就会产生一种寂寞与无聊的心态。他们做出的选择大都是一个字：走。
万历二十四年（1596年）年初，有识之大臣就发现了这个问题，此后，这种现象由于万历的怠政而变得更加严重起来。按正常的编制，南、北二京六部应当有尚书十二名，侍郎二十四名。可到了万历三十年（1602年）时，南、北两京共缺尚书三名，侍郎十名；各地缺巡抚三名，布政使、按察使等官六十六名，知府二十五名。大致一算，总共缺了近三分之一。到了万历四十一年（1613年）十一月，南北两京缺尚书、侍郎十四名。更为可笑的是，由于严重缺员，有时上级必须要一个县的知县�