万幸的是，万历皇帝对这种胡说并没有如其他皇帝那样很重视，原因是，他对任何事情都不重视。所以，只有徐兆瑞在那里空喊，东林党毫发无损。可李三才就倒霉了，因为顾宪成的那封信，他已经没有任何理由入阁。并且，他原来的职位也无法保住，他只好请求辞职。当他一连向皇上上了十五次辞职的疏章没有得到回音后，他就不等皇上允许，自动离职卸任，回通州定居去了。
李三才事件拉开了东林党与反对派的争斗，在这件事上，无论后人多么想为顾宪成辩护，但一条不容置疑的事实却是，他希望李三才入阁来提高东林书院在朝廷的影响。
并不纯净的东林党（2）
虽然，他后来解释说，自己所写给叶向高的信的缘由只不过是出于对李三才的了解与肯定，但在攻击他的言辞里，都有这样一条：李三才本就是东林一伙的。
几年后，发生了明末三案，直接引起了党争。这三案是梃击案、红丸案、移宫案。梃击案我们在前有所介绍，这里不再赘述。红丸案发生在泰昌元年（1620年），万历皇帝的那位太子朱常洛即位后不久就得了重病，司礼监秉笔兼掌御药房太监崔文昇进泻药，服后病益剧。鸿胪寺丞李可灼就献上了两颗红色的丸子，说是仙方，可长生。朱常洛服后不但没有永远不死，反而立即就死了。朝臣群起弹劾崔、李二人，东林党人立即怀疑此二人是受郑贵妃指使而下毒；而反对派却反对，其实这些人反对的目的就是因为东林党赞成。争论一起，大学士方从哲从中协调，事久决不下。最终，两派谁也没有取得胜利，朱常洛死后，儿子朱由校即位，抚养他的李选侍坚决居住在乾清宫，以把持朝政。都给事中杨涟、御史左光斗等联合大太监王安迫其移宫哕鸾宫。朱由校正式即位后，此事引起争论，成为官僚派系斗争的内容之一。
东林党的势力逐渐扩大，特别是当朱由校登基后，由于是他们的努力，所以皇帝对这些人很是器重。在这样的情况下，一些失意的政客，善于钻营的士大夫纷纷投进东林，而且，在这些人信誓旦旦的承诺下，东林也接纳了他们。
在后期，东林党之所以敌不过阉党，有一部分原因即在此。诸多的政客发现自己所凭借的东林已经不是当初的东林时，他们立即掉转，把枪口对准了真正的东林党人。
我们回过来看，当初，万历皇帝下令全国开展矿监税使活动，最先反对的就是东林党。这并不是说，他们在为天下百姓着想。因为在万历皇帝最先派出矿监时，老百姓的利益并没有受到影响，而受到影响的是一些富民。那么，东林党的人是些什么人呢？这些人大都是有功名、田地或是资产的中小地主阶层。
税使刚刚成立时，其所征税的对象也无非是一些开旅店的店主，这些人自然也被称为富户。也就是万历皇帝侵犯了他们的利益，才使得他们奋起而反对之。
在天启三年（1623年）的京察之中，东林党人赵南星掌管吏部，力斥反对派官员亓诗教、赵兴邦、官应震、吴亮嗣等，议当罢黜。吏科给事中魏应嘉坚决不同意。赵南星可不管，总之，不和自己站在一边的就是敌人。他写了《四凶论》攻击亓诗教等，最终这些人在强大的东林势力的打击下被罢黜了。从各种史料来看，赵南星通过这次京察大肆打压其他派别的人，完全是一种斩草除根的想法。的确，东林官员不与阉党合作，从而获得清誉之名。但东林党人以“清流”、“正人”自诩，对三党官员心存报复，对政见不合者均斥为“邪人”、“邪党”，甚至直指为阉党，却也是他们的愚蠢之处。这样造成的结果就是：被东林排斥的官员，便投依阉党求存。东林执政后反而在朝官中日益孤立，而魏忠贤的阉党的势力却得到了极大的增强。
针对这次京察中东林党人的报复行为，前辈学人谢国桢先生就说：“天启三年的京察，赵南星未免作的太辣，但后来魏忠贤的残戮，又未免太毒了。”他这句话其实还可以这样来理解，后来东林党人被魏忠贤大肆清洗，一半责任要归于自己。
假设，只是假设，党争开始只是纯粹的政见和价值观分歧的话，那么到后来也就显现出了它的真实面目：彻底沦为了全然不顾天下国家的意气之争、利益之争、个人恩怨之报复。齐、楚、浙三党自然如此，东林党更是不能逃脱。
所以，东林党并不是如我们所想象的那样，十分纯净，纯净到只为百姓着想。晚明的清官、好官都出在东林或是对东林有一定的好感。这只不过是因为其他党派太差劲了，这些官员只能退而求其次而已。
在正义与非正义之间挣扎（1）
被反对派命名的东林党在其产生到灭亡，到底争论了哪些事呢？这是一个很不能让人解释清楚的问题，一方面，他们的争论到底起到了多少作用；另一方面，在争论中，是否真的是从大局着想的。
顾宪成似乎就是东林党的开始，而在他死后，东林党也并没有结束，直到明朝灭亡，在历史的回音壁上，我们还能听到他们的声音。在此，我们不对他们的声音确认是对还是错。我们只是想看一下，他们用了几十年时间到底都争论了些什么。
第一起事件是关于张居正的，万历十年（1582年），张居正死，第二年，张居正被抄家，顾宪成认为这是张居正咎由自取。
第二件事是争国本，万历十四年（1586年）正月，科臣——后来的东林党人——姜应麟上疏皇帝应立太子，万历皇帝迟迟不立，东林党人与内阁一派和皇上争论了十五年。
第三件事是丁亥京察，发生在万历十五年（1587年），北察主计人之一为左都御史辛自修，南察主计人有右都御史海瑞。两人都欲借京察整饬吏治。顾宪成在北察中支持辛自修，他的弟弟顾允成等在南察中支持海瑞。结果，辛自修与海瑞都失败，顾宪成兄弟被降斥。
第四件事就是万历二十一年（1593年）的三王并封，顾宪成强烈反对。
第五件事是癸巳京察，主计人是吏部尚书孙鑨，左都御史李世达和考功司郎中赵南星。考察贯彻了严于自身、严于要律、贪吏必察的原则，但不久，赵南星被斥为民，孙鑨被迫辞职。支持京察的官吏纷纷被贬。
第六件事是万历皇帝设矿监税使活动引起的争论。
第七件事是万历二十六年（1598年）发生的《闺范图说》事件，早在万历十八年（1590年），山西按察使吕坤编辑了《闺范图说》，里面提到的妇女都是皇后级别的，郑贵妃拿到这本书后，就把自己也写了进去。他这样做的目的当即被东林党人拆穿，引起争论。
第八件事是万历二十七年（1599年）二月——万历四十二年（1614年）三月的民变，东林党人或支持民变或者参与民变。
第九件事是万历二十七年的己亥京察，北察主计人吏部尚书李戴秉承阁臣沈一贯意大肆打击东林党，东林党反击，此事过后，东林党人被迫去无锡听顾宪成讲学。
第十件事是关于真假楚王的，当时，楚王朱华奎的下属向朝廷告发朱华奎是异姓假王。当时，沈一贯想隐瞒此事。但东林党人礼部侍郎郭正域上疏请勘，楚王派人送礼给郭正域，郭正域依旧不依不饶，后被沈一贯一伙清除出朝廷。在这件事上，楚王的真假另当别论，而沈一贯不想把事情闹大是符合当时形势的，郭正域偏想要事情水落石出，被弹劾去无锡听讲是活该。
第十一件事还是关于书的，万历三十一年（1603年）十一月，一本《国本攸关》的图书出现，大学士朱庚得到此书后，发现此书是托“郑福成”问答的。“郑福成”喻郑贵妃之福王当成。时谓之妖书。这一次，皇帝大怒，东林党人没有挑起事端，但沈一贯却以此事拿下了东林党人大学士沈鲤。正要趁势拿下其他东林人士时，太子朱常洛大怒，此事才算结束。
从这以后，几乎每件朝廷之事都有东林党人的参与，直至其被阉党打败。也就是说，从有东林党那天起，党争在明末就没有停止过。
魏忠贤没有掌权时，东林党的最大敌人是掌权人物，比如当时的王锡爵，后来的沈一贯，还有万历皇帝。东林党人大部分都是言官，分布在六部里，自从张居正死后，万历皇帝将内阁权力降低，大权尽归于六部，所以，六部的言官们敢于向内阁首辅发威。而万历皇帝又对这些事情置之不理，内阁首辅自然就要反击，归根结底，都是万历皇帝的错。
万历皇帝是非常明智与愚蠢的，在有关于他自己的争论中，他总是不肯给答复，或者是默许内阁对东林党进行打击。而内阁，也就是朝廷的掌权派对东林党人的态度却是四个字：坚决打击。可以这样讲：谁在内阁，只要不是自己人，东林党人就发了疯似的去咬。一件事只要被东林党人捉到了，就绝不轻易放口。比如，明末三案*，它促成了党争，党争反过来又影响了三案，使得一件很普通的案子，成了惊天动地的大案。
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在正义与非正义之间挣扎（2）
我们还不得不提发生于万历三十九年（1611年）的辛亥京察事件，和以前、以后的京察事件一样，党派之争如火如荼。这一年的京察在北京的主持者大都是东林党人，所以齐、浙、楚诸党遭到了他们的打击。但南直隶的京察却为齐、浙、楚党所把持，故在南京的东林党人受到了排斥。正是辛亥京察南直隶的形势，科道言官们遂依籍贯有了齐、楚、浙三党。
万历四十五年（1617年）的丁巳京察，三党势力大盛，由楚党的吏部尚书郑继之、浙党的刑部尚书李志和考功郎中赵士谔主持，因此东林党人在此次京察中几乎被驱逐殆尽。
通过这几次京察，朝臣们的党派归属一步步地明确和巩固，党争之风日盛，并几乎使朝中大臣都卷入了党争，大有不