1626年4月初的一天，也就是弗朗西斯修改了自己遗嘱的第二年，一个春意盎然的日子，空气潮湿而凉爽，地上还有未化的积雪，弗朗西斯在一个叫威特伯恩的苏格兰医生的陪护下，从伦敦出来，搭乘一辆四轮马车，朝市郊走去，那里有更好的空气。突然，奥伯雷在《短暂一生》中这样写道，“弗朗西斯的脑子里有什么念头一闪，肉能不能像在盐中储藏那样，储藏于雪中也不坏呢？”冲动之下，培根叫马车老板在一家农舍门前停下来。他下车敲门，然后跟屋里的人说，他想买只小鸡。屋里的女主人当场给他宰了只鸡，培根于是弄来一些雪，给鸡裹上，他要进行冷冻实验。突然，一股冷冷的感觉攫住了他，他一下子病倒了，不能往家赶路了。他让车老板把他送到附近，他的朋友阿伦戴尔伯爵家中。
这时的阿伦戴尔正因为安排自己的儿子秘密地娶了一位王室里的姑娘，在塔楼里遭囚禁。培根知道阿伦戴尔不在家。阿伦戴尔的忠实管家迎接了这位不速之客，马上准备床铺让他休息。然而，这床已经快有一年没人睡了，很潮湿。由于身体着了凉，加上床榻又潮又冷，结果，弗朗西斯感冒了，并发起高烧。他很快就离开了人世。那天是1626年4月9日，正是复活节的早晨。至于那位随同前往的苏格兰医生，也从此杳无音信。
躺在潮湿的床上，弗朗西斯给没有在家的男主人写了封信：“把威苏威火山灰拿来实验的老凯尔斯·普利牛斯因为科学实验而丢了性命，我可能很幸运地与他一样，在做冷冻实验时，丢掉自己的老命。”
在培根的遗嘱中，他要求把自己葬在离圣奥尔本斯不远的圣迈克教堂里。他有自己的理由：“我母亲就埋在那里，……那里也是惟一的基督教堂。”弗朗西斯要求把他葬在安妮·培根夫人所在的教堂里，她是惟一没有离弃他的人。
但没有人找到过他的棺柩。20世纪初，当时的维鲁拉姆伯爵跟声望显赫的培根研究专家亨利·波特夫人说，他借自己父亲也准备掩埋在那个教堂的当儿，把理应掩埋弗朗西斯的地方细细地检查了一番，仍然没有找到弗朗西斯·培根的棺柩。
过去有人说，弗朗西斯是被埋在他忠实的秘书托马斯·默迪给他立的雕像下面。但很奇怪，那个雕像上的原始文字都被清除掉了。传记作家富勒女士指出，雕像上刻的字是“坐在此处”，而没有刻成“长眠于此”。她还说，最近的一次挖掘证明，没有看到坟冢的存在。弗朗西斯的后人们也坚持说，他没有被埋葬在那里。相关的下葬记录丢失不见了。至于他的葬礼是怎样举行的，就更无从谈起了。
有可能的是，根据十字会的要求，人死后不能掩埋在坟冢之中，被人发现，而应该“掩埋在无人知道的地方”，这样，他们的善行就会被记录在天堂里，而不是在地上。培根是“玫瑰十字会”成员，他在第一次写的遗嘱上，就已经明确表示，要“将自己的遗体秘密地掩埋起来”，将自己的名字“留给后世和全世界”。
“玫瑰十字会”的“哲学意义上的死亡”，是离开这个世俗世界，而不是身体上的真正死亡。如此“死去”的人，事实上是将自己隐藏于一个秘密的地方，进行深刻思考，或者继续自己的工作，不被人发现。许多深入调查者相信，弗朗西斯就是这么做的。他佯装死去，实际上却乔装离开了英国，跨过大海，到一个对自己更为友好的国家去了。
尤其有趣的是，就在培根被认定死亡之时，他最亲密的秘书托马斯·默迪却在张罗出国旅行事宜。有人说，这个叫托马斯·默迪的人是培根秘书的表弟，是同名不同人。对于这一点，我们没有答案可寻。但如果培根真的成功地秘密离开英国的话，几个亲朋好友的支持与帮助是必不可少的。
这些事情发生后的两个世纪，发现“字密码”的欧文医生和激进的培根研究专家普利斯考特博士都发现了密码，其中就讲到培根的失踪：
“由于害怕查尔斯国王会加害于我，我于是佯装死了，实际上是有人给我很多的鸦片让我吃了下去。我于是被一张被单缝裹起来，送到了圣迈克教堂。但这时离我吃鸦片已经过去整整17个小时了。托马斯·默迪爵士通过给我的直肠打药，才使我苏醒过来。我穿着达拉威夫人侍女的衣服，从英国逃走了。”
这位达拉威夫人是弗朗西斯一个亲戚诺利斯爵士的女儿，她嫁给培根的一个很亲密的朋友，此人与培根当年在同一家移民公司。有人相信培根参加了自己的葬礼，他化装成侍女，参加了自己的葬礼，然后才从人生舞台上谢幕走人。本书来自免费txt小说下载站
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