张献忠虽然攻下襄阳，但由于玛瑙山的战败，实力依然很弱，在八月中，他又在信阳被明军击败，自己大腿中箭，还遭到丁启睿与左良玉的猛追，最后被迫带着几十个骑兵逃去依附李自成。
史料记载说，他们这次聚会又闹了别扭，李自成甚至想杀掉张献忠。幸亏一向以“贼不杀贼”为口头禅的罗汝才从中劝阻，双方才化解了矛盾。
李自成资助了张献忠五百骑兵，让他重回湖广，牵制明军。此后李自成又两次攻打开封，明朝尽全力解开封之围，张献忠身上的压力骤减，他积极收聚被打散的旧部，又迅速发展起来。
崇祯十六年春，张献忠轻易攻陷汉阳、武昌。
楚王朱华奎被俘，张献忠审视楚王府中钱财堆积如山，积银有百余万两，也不禁长叹道：“有财如此而不设守，朱胡子真庸儿也！”把他装在笼子里，沉入长江中。
史书记载，献军一开始，伪称宗室不杀，于是楚府宗室纷纷拿着自己的身份证明去自首，连老百姓也有去冒认的，但这些人随即都被喀嚓掉了。
他尽录武昌城中十五至二十的男子为兵，拟将其他人全部屠杀。但武昌是个大都市，人口众多，委实杀不胜杀，有些士兵杀人累得连自己的手腕都脱臼了。不得已，张献忠遂令打开汉阳门，将其余市民全部撵出城门，用铁骑将他们驱赶入江中。
这是一幕人间惨剧：正值繁春花似锦，而苍茫大江之上，自鹦鹉洲到道士洑，到处漂浮着腐烂的人肉，一个月过去了，还有浮脂厚寸余，以至于江边的人许久不敢捕食鱼鳖。武昌城仅留下余民数百人，或断手脚，或缺眼鼻，无一全形者。
这还仅仅是开始。
此时，九江的左良玉听说张献忠在武昌——他怕李自成，但不怕张献忠，遂奉诏进军西上，寻其决战。张献忠避战南下，陷岳州、长沙、衡州。渡洞庭湖时，遇大风，他大怒，命将巨舟千艘，载妇女而焚之，火光照夜如白昼。
被分封在湖南的明朝宗室吉王、惠王、桂王逃到广西——因为逃得太仓皇，连桂王朱常瀛的次子永明王朱由，都被张献忠的部队俘虏了，亏得张献忠的永州经历吴继嗣，曾当过明朝的官，对旧主情深，拼死回护，才得以逃脱一死，于四个月后辗转回到他爸爸身边。
这位永明王殿下，在他父兄相继去世后，承袭为桂王，日后被遗民拥戴，建立了南明最后一个政权，年号“永历”——他就是明朝最后一个皇帝永历帝，和张献忠的余部还有许多生死交道要打。
目前，李定国等人还预见不到，自己的后半生竟将站在这位王爷的旗下，为一个民族的存亡而战。
张献忠还攻破杨嗣昌的老家常德，挖掘了杨家祖坟，斩尸见血——挖人祖坟似乎也成了当时的流行时尚。算起来，这个时尚还是张献忠开的先河。
崇祯八年，张献忠发掘明朝凤阳皇陵；
崇祯十五年，明米脂县令边大绶发掘李自成祖坟；
崇祯十六年，李自成发掘明承天祖陵；
同年，张献忠又挖了杨嗣昌的祖坟……
此时，雄踞襄阳的李自成正在和谋士们探讨下一步该怎么走，湖南的张献忠也在合计着这个。有人提出可以东取吴、越，张献忠一想到要和对头左良玉死磕，就连忙摇头。
三、在湖广四川游走的岁月（3）
最终张献忠决定，西进夺取四川作为根据地。
。。
四、进军四川（1）
崇祯十七年二月间，张献忠攻陷夔门，打开了入川的门户。明参将曾英守巫山和市隘，被张献忠击败，退到涪州。
张献忠军因长江涨水，停滞了三个月。五月，张献忠继续向重庆进军。至丰都，女将秦良玉守土自保，不敢出战；至忠州，副将赵荣贵战败；六月初七至涪州，曾英又被击败。自涪州以上，献军再未遭到有力的抵抗。
这一年，发生了中国历史上著名的“甲申之变”。三月间，李自成率大顺军攻入北京城，崇祯皇帝在煤山自尽。在那几个月里，大明政权的中枢神经陷入了瘫痪。
一些路途遥远的地方，比如说四川，在那一两个月里简直不知道发生了什么事，大小官员都坐在那里发呆。四月十七日，四川武举朱彝之自北京城逃回成都，带来了北京城陷落，崇祯皇帝下落不明的噩耗，但四川该怎么办，谁也不知道。
大家乱哄哄地闹腾到二十四日，才众议请蜀王监国，但遭到巡按刘之渤的坚决反对，未能成功。此时四川的最高实权人物，是新被任命为四川巡抚的原川北道龙文光，但等这位龙先生走到顺庆时，张献忠都快到重庆城下了。前任四川巡抚陈士奇，此时还在重庆，急向龙文光求援。
龙文光先生气节是有的，但似乎不太干练，有点书生常见的呆气。重庆城已经火烧眉毛了，他老人家还不紧不慢地要求各路援军先到顺庆城集合，待他检阅点核后再出兵。
六月十八日，张献忠袭据重庆城外围要隘佛图关，此时重庆城中兵力还很强，还有些援军直接就跑来了，诸将都要求背城一战。陈士奇不准，认为这些将领要求在城外决战，是想逃跑，把他们悉数撵进城里呆着，摆出一副老实挨打决不还手的姿态。
张献忠用爆破法攻城，把城外的墓地都发掘了，让士兵顶着棺材板在城脚挖地道通到城墙下，装上大量火药，点燃引线……然后“轰”的一声巨响，城墙就不见了。这是当时最高效的攻城方式，直到两百多年后太平天国起义，基本步骤还是一样的。
二十三日，重庆城陷。大小官员们纷纷换上老百姓的衣服，企图蒙混过关，张献忠悬重赏购百姓指认，官儿们没一个漏网。
张献忠坐在操场上，和大小俘虏们见面，还顺带谈谈他们在工作中出现的失误和后果。
先把重庆知府王行俭请出来，让他老人家带几个献军的师爷去府库交接钱粮。
然后，张献忠请出前任四川巡抚陈士奇，开门见山第一句话：“朝廷都是你们这帮人败坏的！”这句话倒是放到哪个俘虏头上都适用。“巫山十三隘如有守兵，我迟进数日，你们也好做个准备。搞到如今这个地步，不剐你天理不容！”撤十三隘守军倒确实是陈士奇的命令，不过大明朝连北京城都能丢掉，多这几个小关隘又顶什么用呢？何况你张献忠还因为涨水在万县呆了差不多三个月嘛……
于是陈士奇和交完钱回来的王行俭一块被凌迟处死。
巴县知县王锡六实在受不了张献忠的强词夺理，跳出来说：“我辈应死，毋枉杀百姓！”拜托您老别穷开心了，杀我们就好，放老百姓一马吧……
官员杀完之后，张献忠又和瑞王谈话。瑞王是从汉中逃过来的，重庆城破时，王妃刘氏已经投井自尽，现在就剩他孤家寡人了。
张献忠还蛮客气的，走下座来和王爷聊天：“你难道不知道我的军队比李自成强得多吗？”瑞王晕晕地看着他，您这话说得可有点不要脸，谁都知道明末最强的流贼是李自成嘛——不过这话没敢出口。“你既然知道怕李自成，从汉中逃出来，就更应该知道怕我，早点逃离重庆嘛！”瑞王点点头，这是实话，一点不假，寡人确实是逃慢了。“你既然不及时逃走，我也只好杀了，也是你命中注定啊！”把瑞王也拉出去凌迟，不过待遇高一点，先杀死再剐，还附赠了一口棺材。
俘虏兵人数太多，就不一一谈话了，每个人把右手交出来，就可以走人。有些俘虏兵想耍滑头，伸出左手，结果两只手一块被砍掉。
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四、进军四川（2）
地上堆满了残断的肢体，污血在夏日的暴雨中四处流溢。
各地听说了重庆的惨剧后，一些胆小的地方官吏都望风而降，但仍难免遭受杀戮。七月四日，张献忠率主力进犯成都，把船只全部焚毁，从泸州兵分三路进军。
龙文光从顺庆驰援成都，他一离开，顺庆守军就向张献忠投降了。四面八方的明军都向成都涌来，张献忠也派了不少人混进去，成都城里一片混乱，龙文光自己，也分辨不清谁是谁。
八月七日，张献忠进攻成都，比攻重庆更起劲。龙文光勉强守了三天。混入城中的内应瞅空把钟鼓楼的火药库炸掉了，军心大乱，张献忠趁机猛攻，当日即攻陷了成都。
龙文光战死，蜀王朱至澍也表现出明朝宗室中难得的勇敢，和他的妃嫔们一块投井自杀。蜀王世子和巡按刘之渤等人被俘。
张献忠先封蜀王世子为太平公，回头想想不对味，又把人杀了。
刘之渤表现得很有气节，张献忠再三劝谕他不果；请他当巡抚，他仍然拒绝，只是替老百姓请命而已，终于被杀。
被俘虏的明军将士也被驱到中园等处屠杀殆尽。总兵刘镇藩手下参将杨展，也被押解到江边待杀。他身上穿着一件不错的甲胄，于是便对负责杀他的大兵说，你这样杀了我，把这件宝甲也弄脏了，太不划算。不如你先解开绳子，待我把甲脱下再杀。那兵想想也对，反正你逃不掉的，就把绳子解开了。杨展佯装脱甲，奋力跃入江中，方才得游泳逃走。
十一日，张献忠又想杀人，把成都居民驱赶到中园，正准备大屠杀，亏得他的谋士汪兆龄劝说，以为“成都是本根基业，不宜纵杀”，这才罢手。
八月十五日，张献忠在成都自称秦王，国号大西，改元大顺，就把蜀王府当成了他的宫殿，任命汪兆龄为东阁大学士，严锡命为文华殿大学士，孙可望为平南监军，刘文秀为平南先锋，李定国为前军都督，艾能奇为平南将军，分兵四出攻城略地，全川骚动。
九月，张献忠率军北上击败了李自成派去争夺川北的原明军降将马科，夺占了川北。
川西的一些少数民族部落奉明正统，向投降张献忠的地方官员进攻，随即被张献忠派去的艾能奇等人击败。但这一带的其他明军受此影响，纷纷继起，推举从成都