苏军波塔波夫的第5集团军在科罗斯田附近沼泽地作战的样式则更不同。波塔波夫原是一位坦克兵的将军，他利用普里皮亚特沼泽地做为隐蔽所，一直把部队拢在一起，在赖歇瑙的德军第6集团军的进攻面前进行了坚决的、团结有力的和密切协调的防御，卓有成效地使用了密集炮火。德军第98步兵师在到达普里皮亚特沼泽地边缘附近的马林镇时，见到遍地瓦砾的废墟和弹痕累累的道路所构成的可怕情景，都惊呆了。这种可怕的景象足以证明战斗之激烈。当他们向进攻出发地位前进时，同样遭到了苏军炮火猛烈而准确的袭击，被迫离开大路进入沼泽地。到处是呼唤担架的喊叫声。终于发起了进攻，士兵们不得不穿过麦田和灌木丛进行冲击，步兵虽然有装甲履带强击火炮的支援，伤亡还是不轻。即使在攻下目标之后，隐藏在灌木丛中的苏军狙击手仍然继续袭扰，他们还发现敌人有计划地搜寻那些躺在茂密的麦田里的无人救护的德国伤兵，并用刺刀把他们捅死。此时，德军士兵，其中大部分是第一次参加战斗，己大为激怒。当重新发起进攻时，双方寸土不让，战斗极为激烈。战斗不到两天，第282步兵团第3营已死伤一百七十人，超过了其总人数的四分之一。
科罗斯田以南日托米尔…别尔迪切夫突出部上的德军威胁着基辅，因此遭到了它北面的苏军第5集团军和它南面的第6集团军以及从喀尔巴吁山撤下来的第26集团军一部的猛烈反突击。只是在经过数日战斗之后，赖歇瑙的德第6集团军和克莱斯特的第1装甲集群才得以进一步向东推进。看起来，第1装甲集群如果大胆进击，是可以打下基辅的，但希特勒于7月10日下令禁止任何装甲部队进入该城。于是，伦斯德特改变计划，仅令冯·马肯森的第3装甲军和第6集团军之一部向第聂伯河进发，而第1装甲集群的大部分，包括冯·维特尔斯海姆的第14和肯普夫的第48装甲军，从别尔迪切夫向东南方向运动，经过卡扎京和白教堂到五一城和波莫什纳亚，从翼侧包围苏军第6、第12集团军和第18集团军之一部。伦斯德特选择了大纵深包围的方法，而没有按希特勒规定的从别尔迪切夫到文尼察的路线用装甲部队进行截堵。因为苏军已在全线撤退，在浅近纵深包围，势必使苏军漏网。与此同时，施蒂尔普纳格尔的德军第17集团军将与数个匈牙利机动旅（由喀尔巴阡人组成）一起经过文尼察继续东进，将苏军第6和第12集团军赶向德军第1装甲集群，届时将到达阻击地点。朔贝特的德军第11集团军和罗马尼亚第3集团军正向五一城疾进，追击斯米尔诺夫的第18集团军，以形成包围苏军的三角形的第三条边。
在7月的第二周，布琼尼就任西南战区司令的新职务，指挥西南和南方两个方面军，赫鲁晓夫是该战区军事委员会的政治委员。从此，不知是由于判断错误还是命运不佳，基尔波诺斯的西南方面军和秋列涅夫的南方方面军每况愈下。布琼尼在就任后约一周的时间里，便把基尔波诺斯指挥的两个主要的集团军，即部署在中央的穆兹琴科的第6集团军和波涅杰林的第12集团军，划归秋列涅夫指挥，两个方面军的分界线也北移了。这样做的理由并不完全清楚，但很可能是克莱斯特的攻势有分割西南方面军之势，因此，布琼尼要秋列涅夫负责第聂伯河右岸（以及第1装甲集群打进的楔子的南面）乌克兰的防御，而基尔波诺斯则集中力量防守基辅并负责对克莱斯特的左冀的作战。结果造成一些指挥上的混乱。莫斯科两次批准布琼尼向东撤退，但每次似乎批得都很勉强，因为撤退仅限于战术范围，并不能适应战争危局的需要。基尔波诺斯在判明德军的真正意图之后，立即令科斯坚科的整编第26集团军在基辅和切尔卡塞之间渡过第聂伯河向第1装甲集群的北翼发起强有力的进攻。这些进攻被德军第4军军长冯·施韦德勒指挥的数个步兵师所阻，未能制止克莱斯特的装甲兵向五一城挺进。8月2日，五一城失陷，第6、第12集团军的大部及第18集团军之一部，相当于大约二十个师，被围困在乌曼附近一个大的包围困中，失去了与东方的联系。苏军至8月8日停止抵抗，十万三千人被德军俘虏，其中包括两名集团军的司令和七个军部。德军缴获坦克三百余辆、火炮八百余门。秋列涅夫的南方方面军的残部陷在一面靠黑海海岸、一面靠罗马尼亚边界的一个大突出部上，这时已有被来自北面的德军攻势完全切断的危险。于是南方方面军迅速东撤，留下一些部队守卫奥德萨；留下的部队被编成一个独立的滨海集团军，由索弗龙诺夫指挥。乌克兰的苏军已被彻底打垮，虽然德军也有一些伤亡，至8月末，苏军已失去了它在第聂伯河西岸赫尔松、别里斯拉夫和第聂伯罗彼得罗夫斯克等三个最后立足点。
一些德军指挥官事后议论说，倘若克莱斯特的装甲部队再向东南方向进击或者进而渡过第聂伯河并沿河的左岸包抄过去，而将肃清乌克兰南部苏军的任务留给步兵，德军或许会取得更大的战果。这样大胆的运动固然有可能取得成功。但是另一方面，如果没有第1装甲集群近逼苏军后方，乌曼的胜利也是不可能的，再者，德军步兵师能否在行军速度上胜过苏军，无论如何也是值得怀疑的，因为苏军部队的行军耐力和机动性，即使在最困难的地形上，也是非常突出的。苏军丢弃了大部分重装备，没有重装备的拖累。再向东南进军，路途既遥远又迂回曲折，而北面的基尔波诺斯仍然是个劲敌。再者，克莱斯特也不大可能沿第聂伯河全线阻止大批苏军部队撤退。
在此期间，苏军最高统帅部一直在不顾一切地拼凑新的部队。西南方面军获得了十个新编师，南方方面军获得了十二个新编师，第26、第37和第38等三个新编的或整编的集团军已从内地调到第聂伯河。马利诺夫斯基指挥的新编第6集团军已在保卫第聂伯罗彼得罗夫斯克以北第聂伯河一线。
到此时为止，东线德军尽管遭到一些挫折，已完成了其任务的第一部分。德军没有打下列宁格勒，也未能与芬兰部队会师，很多敌人逃出了波罗的海和乌克兰地区，但德军已占领了奥尔沙…斯摩棱斯克陆桥，渡过了德维纳河，并已到达或越过了第聂伯河。他们正等待着元首下一步的命令。
希特勒一直打算先夺取列宁格勒，而后攻打莫斯科。他很早就认为应首先夺取整个乌克兰、顿涅次盆地乃至高加索，尔后再从斯摩棱斯克东进。6月30日，希特勒曾着重指出乌克兰和波罗的海在经济上的重要性。一周之后，他提议赫特的第3装甲集群从斯摩棱斯克向东北运动，以掩护李勃的北方集团军群的翼侧；而古德里安的第2装甲集群应向东南运动，进入乌克兰。希特勒的注意力集中在克里木，他把克里木看成是苏联用以轰炸普洛耶什蒂油田的一艘航空母舰。他认为，占领了克里木就可以使德军部队能越过刻赤海峡取捷径入侵高加索。7月19日，希特勒发布了第33号指令，命令中央集团军群只率步兵向莫斯科进军，因为它的装甲部队将分别派往北方和南方。四天之后，即7月23日，凯特尔遵照元首的命令，对策33号指令发布了一个非常乐观的补充命令，命令将赫特的第3装甲集群调到波罗的海，从翼侧包围列宁格勒，任务完成之后，再调回中央集团军群，做好东进至伏尔加河的准备，而赫普纳的第4装甲集群，将与其他部队一起撤回德国。古德里安的第2装甲集群将在乌克兰与克莱斯特的第1装甲集群会合。
在7月23日和26日两次会议上，哈尔德强调必须在秋天对莫斯科发动决定性的突击，因为他本人认为希特勒所提的列宁格勒和乌克兰两个目标在重要性上只是第二位的，并且认为元首的计划最终将使德军陷入阵地战。哈尔德自己已开始对战争的目的和方针产生了怀疑，但为时已晚。希特勒又有了新的主意：他允许包克的中央集团军群在其装甲部队调走之后转入防御，不再使用步兵打向莫斯科，但仅限于此。与此同时，第2、第3装甲集群将暂时撤回进行休整。包克一直极力主张中央集团军群保留其装甲集群，并尽早向莫斯科进军，并在这一点上，得到了古德里安和赫特的大力支持。8月4日至6日，元首视察中央集团军群和南方集团军群司令部，听取集团军群和装甲集群司令官的意见，这些司令官都建议立即恢复对莫斯科的攻势。这一建议与希特勒的意见不符，他拒绝接受他们的建议，并给他的将军们大讲了一通战争的经济学。于是哈尔德试图要约德尔直截了当地回答元首的直接目标到底是军事征服还是经济开发，结果得到的回答是，元首认为两者皆是战争的目的，两者同等重要，不分先后。8月12日，凯特尔签署了一项对第34号指令的补充命令，进一步肯定了在歼灭中央集团军群两翼的敌重兵集团之后，将调用中央集团军群的装甲部队向列宁格勒、克里木、哈尔科夫、顿涅次盆地及高加索发起进攻的意图。其中还特别指出要歼灭基辅以北普里皮亚特沼泽地的敌军集团（这一向是指苏军第5集团军，但事实上也包括苏联其他一些军团）。
8月18日，勃劳希契和哈尔德作了最后一次尝试，表示支持直接攻打莫斯科的意见。他们向希特勒呈送了一份备忘录，阐明了他们的论点。三天后，希特勒又以备忘录作答，拒绝了他们的意见，并责备勃劳希契，说他没有真正负起指挥德国陆军的职责，而是过多地为集团军群司令官们的意见所左右。哈尔德大为愤慨，于是向勃劳希契建议他们一同辞职，但这位总司令对此建议并不热心。
在中央集团军群战线上，古德里安第2装甲集群所属的施韦彭堡的第24装甲军与魏克斯的第2集团军一起，已在南翼与位于斯摩棱斯克与基辅之�