李成栋自此不再劝降，礼待甚厚。
后来，李成栋既率兵入广，汀州留守镇将李发待傅大学士如初。一日，二人对弈。局罢，李发接到一封文书，忽然下拜说：“傅公如果再不剃发，我只能奉旨在汀州处决您！”
傅冠欣然而起，说，“早毕吾事，尔之赐也”。
于是，他整衣冠向南拜曰：“臣负国无状，死不足赎！”复向西拜：“祖父暴骨，我大不孝！”然后，他索笔题诗于壁，引颈受刑。
其诗曰：“白发萧萧已数茎，孽冤何必苦相寻？拼将一副头颅骨，留取千秋不贰心！”
李发手下汉人部卒皆流泪，不忍心对傅大学士下手。重赏之下，也没有人报名去行刑。最后，清朝的汀州知府李兰友的一个家丁贪赏钱，执刀施刃。
是日，忽然昼晦如夜，悲风震瓦。汀州人听说傅大学士为明朝死节，无不掩涕叹息。
福建发生的所有这一切，均与郑芝龙密不可分。
郑芝龙海盗商人出身，在他眼中，只有“利益”两个字最重要，“忠义”二字，对他来讲，只是名词而已。
在福建当初拥立唐王（隆武帝），并非郑芝龙初衷，乃是其弟郑鸿逵之意。得知福建老乡洪承畴在清军内地位重要，郑芝龙立刻派人把洪承畴老母接入家中厚养，并把其家眷尽数送至南京。表面上，他对隆武帝讲，此举是为了让洪承畴家属去南京劝老洪“反正”，其实他是想以此举修好这位身为清朝鹰犬的老乡，为自己走后门留后路。
正是由于这种密切的往来关系，郑芝龙为清军进攻福建大开方便之门，所以仙霞关、分山关才没有明军把守，清军可以从容入闽。而且，由于他本人手下的主力军队从未消耗过，清军诱降他后，又得到了一支数万人的汉军精军。这些人，后被派发到李成栋手下，配合清军攻打广东。
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两个太阳照南明（6）
但是，郑芝龙降清，绝非一帆风顺，反对他最激烈的，当属其子郑成功和其弟郑鸿逵、郑芝豹等人。
郑芝龙降清，最大的原因，并非他多么“顺应历史潮流”和“知天顺命”，关键的关键，仍旧是“利益”二字——他一直觊觎广东。
郑芝龙的梦想，就是想当闽粤王，以福建、广东为基地，扩张海上。如果能拥有两个海洋大省，自然可以割据一方，富霸一方。
退保安平后，郑芝龙毫发无损，拥兵观望。清军主帅博洛顺其所想，先退后数十里“示诚”，然后写信招降：“我之所以敬重将军，正因您能拥立唐藩（隆武帝）。人臣事主，苟有可为，应竭其力。力不胜天，即应投明主，乘时建功。今两粤未平，我已铸闽粤提督之印，以待将军。”
这一来，博洛不仅打消了郑芝龙拥立明朝一帝的顾虑，又送上“闽粤提督”的大诱饵。郑龙甘心上钩。
知道父亲有降清之意后，郑成功苦劝：“父亲大人您在明朝为重臣，岂可轻意转念！闽粤地，不比北方能任意驰驱，清军铁骑难以纵横，如果我们凭高恃险，设伏防御，清军虽有百万，也难一时能过。相持之余，我们收拾人心，以固根本；大开海道，兴贩各港，以足兵饷。此后，选将练兵，号召天下，渐图进取。”
郑芝龙鬼迷心窍，斥责其子：“黄口稚子，不要妄言！我看你是不知天时人势。弘光有四镇精兵，长江之险，尚且不能抵拒清军，我等占据一隅之地，何敢与大清抗衡！”
郑成功跪禀：“父亲大人只见表面，未审其详。清军兵马虽盛，在闽粤之地绝不能长驱直进。回思我大明朝，文臣弄权，将略乏人，一旦冰裂瓦解，而成煤山之惨（指崇祯帝自杀）。南京君臣，君非戡乱之君，臣尽庸碌之臣，遂使天下英雄饮恨，纵有长江天险亦不可恃。如果父亲大人如今能依仗粤闽地利，凭借崎岖险隘，扼险据守，大可收拾人心，渐图复明大业！”
郑芝龙自以为老姜，摇头一笑：“识时务者，乃为俊杰！今大清招我，礼重于我。如果我贸然与之争锋相抗，万一失利，那时候摇尾乞怜，悔之何及？”
郑成功以头叩地，流泪谏劝：“虎不可离山，鱼不可脱渊，父亲大人三思！”
郑芝龙怒斥：“小子妄言，不要多讲！”
父子二人僵持间，郑芝龙之弟郑鸿逵入来，苦谏道：“兄长您当国难之际，拥立一君，位极人臣。假如事不可为，小弟我不敢虚鼓唇舌来劝。如今，兄长您手下精兵数十万，船舰塞海，饷粮充足，如能再拥一君号召天下，自有八方豪杰响应。大丈夫生于天地之间，何必委身于人，轻入虎穴？”
对兄弟，郑芝龙态度当然和缓许多，他解释说：“兄弟你刚才所言，只见眼前，不看长远。甲申之变，天下鼎沸，清朝逐鹿中原，天下三分，已得其二。如果我们不自量力，提一旅而敌天下兵，诚乃小丈夫所为。不如乘现在清军招我，全军归诚。此举，古来豪杰往往行之，正所谓弃暗投明，择主而事。我们如此主动，清朝能忍心欺我弃我？人以诚心待我，我以诚心应之。贤弟勿虑，我单骑往见博洛贝勒，看他如何待我。贤弟你就静听佳音吧。”
郑芝龙临行，清军得知其子郑成功深沉大略，让郑芝龙与郑成功同去。当时，郑成功在外练兵，他写信给父亲表明态度：“从来父教子以忠，未闻教子以叛。今父亲不听儿言，后倘有不测，儿只有缟素而已。”
郑成功之信，恰似精确预言，已经一语道破郑芝龙的下场。
《明季南略》中，记载了郑芝龙进入清营之后的详情。
清军统帅博洛“热情”迎接郑芝龙，与他“折箭为誓”，欢饮三日夜。第四天中午，忽然军号吹响，大兵四集，包围了参与宴饮的福建士绅名流数百人。包括郑芝龙在内，士绅降将们皆有些傻眼。
博洛脸一变，忽然宣布：“郑芝龙等人，立刻入京听用，马上出发，不得有误！”
龙游浅水，虎落平阳，郑芝龙悔得肠断，也来不及。情急之下，他使出最后一招，表示说自己当然渴望进京“面圣”，但放心不下儿子与兄弟辈，怕他们造反给朝廷惹麻烦。
博洛不上圈套，他呵呵一笑，立刻让郑芝龙写下几封亲笔信招降子弟，然后说：“平灭郑氏余部不服顺朝廷者，与你无甚干系，更非我之所虑，朝廷自有处分。”
于是，精骑押送，昔日手握数十万大军而又拱手把福建交予清军的郑芝龙，就如此窝囊地被送入北京。
与日后的孙可望被清廷重视得获王爵不同，郑芝龙入京后，立刻遭到软禁，只落个“一等精奇尼哈番”（子爵）这样不伦不类的头衔。四合院囚徒，一呆就是十五年，最终连同几个儿子在宁古塔被凌迟处死。
清军统帅博洛利用郑芝龙之名，在福建招降了十多万郑氏旧部，其弟郑芝豹降清，大将施福、施琅叔侄也在投降列内。不久，郑氏宗军的骨干皆被派往另外一个明朝降将李成栋手下，广受排挤。
李成栋反正后，郑氏旧部借机摆脱，重回郑成功手下。
在当时，反对降清的郑成功、郑鸿逵兵力单弱，仅有数百人，躲避在中左所（厦门）鼓浪屿上，如惊弓之鸟，随时准备扬帆入海而遁。
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两个太阳照南明（7）
郑芝龙被骗诱入京，对郑氏部伍震动很大。有些人拥隆武帝之弟（日后的绍武帝）逃往广州，而郑氏家族中的郑彩等人则改奉鲁监国于舟山群岛，在浙闽一带继续抗清。
郑氏家族显名者，郑芝龙兄弟四个，郑芝龙老大，郑鸿逵老二，郑芝豹老三，还有一个郑芝虎，在先前征伐海盗刘香时战死。郑彩这个人，明末清初各种史书都讲他是郑鸿逵的儿子，但从史事中仔细验查，似乎又不是，所以此人真实身份存疑。清朝末期写南明史的学者徐鼒，已经对他的身份感到十分迷惑。
鲁监国在张名振等人支持下，有了部分军队，曾在福建有过一番作为，连克建宁、寿宁等地，一度收复三府一州二十多个县，进围福州。
但是，由于郑彩跋扈，鲁监国小朝廷内部仍然是文臣武将内斗不休，丧失了大好机会。郑彩颇有郑芝龙之风，丧心病狂下，他连朝中东阁大学士熊汝霖都敢害，把熊氏父子绑起来投入海中淹死。鲁监国闻之，悲痛欲绝，哭诉道：“杀我忠义之臣，断我股肱，我活着有什么意思！”
由于武臣跋扈，郑彩擅权，鲁监国的朝事江河日下，一天不如一天。加上郑成功、郑鸿逵部拒不承认鲁监国政权，双方不配合，不协同，福建的大局，最终又为清军占据优势。
清朝大量增兵入闽地，仅仅几个月功夫，鲁监国所得之地，尽数被清兵攻占。
见大势不妙，郑彩这个生意人马上抛弃鲁监国，扬长而去。鲁监国顿成孤家寡人。幸亏张名振来得及时，把鲁监国迎到浙江台州府的健跳所。
荒僻小岛，鲁监国君臣同舟共济，终于暂时稳定了局势。
由于清军屡屡来攻，在张名振等人建议下，鲁监国向舟山群岛进发。岛上留守的明将黄斌卿想割地自雄，拒不接纳。在张名振策划下，黄斌卿手下人将他杀死，鲁监国才得到了一块喘息之地，重新组织海上小朝廷，并重用张名振、张煌言等人。
鲁监国的军队，在东南一带牵制了大量清军。
清军诓诱郑芝龙入京，非常阴险。他们自以为得计，实则犯了一个非常愚蠢的大错误。
先前，左梦庚、刘泽清投降后被挟持入京软禁圈养，清朝自可控制其手下部将。但郑芝龙就不同，其弟、其子以及多名大将皆心向明朝，本来就力劝郑芝龙不要投降。如今，清朝如此“背信弃义”，以郑芝龙当人质，郑家子弟和族人皆完全不信清朝日后的任何劝降举动。所以，清朝软禁拘押郑芝龙，结果适得其反。
倘若当时清廷重用郑芝龙，对他纵放有术，他肯定会竭尽全力，在海上大展身手，为清廷效忠。