继位后，崇祯帝药到病除，轻而易举地铲除了魏忠贤阉党毒瘤。放松之余，骄矜之气溢满胸膛，他顿觉自己是个天纵英明的帝君。
自损栋梁——枉杀袁崇焕
登基之初，由于早闻其名，崇祯帝对袁崇焕非常信任，命其以兵部尚书兼右副都御史，督师蓟辽，兼督登莱、天津军务。崇祯元年秋八月，袁崇焕入京觐见，在皇帝面前许诺五年之内可恢复全辽境土。崇祯帝更是闻言大悦。
崇祯二年（1629年）夏七月，袁崇焕至旅顺，杀掉了皮岛的明朝大将毛文龙。崇祯帝闻毛文龙被杀，登时大骇。如此方面镇将被杀，确实出乎意料。但由于当时正倚重袁崇焕，崇祯帝只得优旨褒答，认定他杀得好，并下诏宣谕毛文龙罪状。后来，这反而成为袁崇焕被杀的一条罪名：擅杀大将。
当时与后世，均有好事者认为，袁崇焕杀毛文龙，是中了后金的反间计，自剪羽翼，亲痛仇快。这些人往往以东江镇日后耿仲明、孔有德、尚可喜等人叛明降清为口实，认为皆是由于毛文龙之死引致。其实，袁崇焕杀毛文龙仅仅几个月，皇太极就从长城逾入内地，为此，袁崇焕急忙携军救援。
崇祯帝偏中皇太极“反间计”，自毁长城，杀掉了袁崇焕。如果袁崇焕不死，依他的指挥控制能力，东江镇兵将肯定会被打造成为一支恢复辽东的劲旅。而假如毛文龙不死，这个跋扈明将必定会叛明降清，日后也不会被附于袁崇焕传后，而肯定会被乾隆帝编入《贰臣传》。
毛文龙被杀三个月后，皇太极率兵绕过山海关，由蓟镇长城的长安、龙井关、洪山口毁边墙入侵，并攻占遵化、迁安、永平、滦州四城。
后金军忽然出现在北京城外，对北京展开围攻，即明人口中的“己巳虏变。”
乍闻后金军逼近京师，明廷震骇，立刻调诸路兵入京来援。袁崇焕闻讯，在先派出赵率教入援的同时，即刻率祖大寿等人急赴前线，步步为营，途经抚平、永平、迁安、丰润等诸城，皆留兵营守。
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半明半灭大明朝（2）
不久，明将赵率教战死消息传至，后金兵蜂拥而至。袁崇焕大惊，急引兵趋至北京城下，在广渠门外立营。虽然袁崇焕手中仅有不到两万人，但他们斗志高昂，数次与后金军交战，皆得胜而还（清人自己讲是“互有杀伤”）。
见袁崇焕营盘坚固，无隙可乘，一直熟读《三国演义》的皇太极便欲施用“反间计”来除去袁崇焕。当时恰好营中有两个先前在城郊牧马厂被俘的明朝太监杨春、王德成在押，他遂命令汉人降将高鸿中与鲍承先两人趁黑坐在这两个明朝太监被困的营帐外，假装酒醉，放言说城内袁巡抚（袁崇焕）与大金有密议，准备里应外合。夜间，哨兵故意纵两个太监逃脱。
这两人一回城，像兔子一样跳到崇祯帝面前，把这件“天大的秘密”讲与皇帝听。刚愎自用的崇祯帝竟然上了皇太极这种最简单诡计的当，很快就派人逮捕了袁崇焕，打入诏狱严刑拷打审问。
袁崇焕的部将祖大寿为此惊惶至极，出城后即拥兵向辽西奔逃。幸亏袁崇焕在狱中写信召唤祖大寿，他当时才没有叛变。
由于山海关、宁锦一线仍在明朝掌握中，加之后来的孙承宗御敌有方，皇太极只得率兵退走。北京有惊无险。
后金退兵后，明廷开始审查袁崇焕一案。
当时，大学士钱龙锡持正，得罪了不少暗藏的阉党成员。阉党王永光时为吏部尚书，引其同党御史高捷等人猛烈攻击袁崇焕，诬称他暗中与后金议和，擅杀毛文龙，引清兵入口。这些阉党本意是想以袁崇焕兴起一件新的大“逆案”，顺便攀引钱龙锡，于是，他们大造舆论，讲袁崇焕杀毛文龙是由钱龙锡主使。
最终，袁崇焕本人被判凌迟，其兄弟妻子长流三千里，抄其家产归公。崇祯三年（1630年）八月十六日，刚过中秋，袁崇焕被剐于北京闹市。
袁崇焕被杀，乃是天大的冤案，但不少无知的北京市民却信以为真，恨极了这个引狼入室的袁巡抚，纷纷上前高声责骂，甚至生食这位耿耿精忠的烈士身上之肉。
千刀万剐，明朝就是这样对待袁崇焕这样一个大忠臣。
被杀前，袁崇焕作《临刑口占》，依旧对大明朝忠心耿耿：
一生事业总成空，半世功名在梦中。死后不愁无勇将，忠魂仍旧守辽东。
大英雄被剐之时，紧咬牙关，欲哭无泪，只能仰望苍天，让冤报叹息回荡于自己的胸腔之中！
可笑又可悲的是，崇祯帝至死不悟自己中了皇太极反间计，甚至连入清后生活了三十多年的明末大才子张岱（写《陶庵梦忆》那位），也在书中把袁崇焕列为明朝逆臣。最终为袁崇焕“平反”的，竟然是“鞑子”皇帝乾隆。这真是个历史的黑色幽默！如果罗贯中地下有知，知道自己的《三国演义》多少年后被后金的首领皇太极当作“兵书”来使，以“蒋干盗书”为原型让崇祯杀掉大明顶梁柱袁崇焕，罗老先生肯定会在地下愤怒高呼不已。
遍地烽烟——以油浇火的“平贼”
崇祯帝继位以来，用人不当，自然是不可推卸的主观责任，但罕见的自然灾害，也是明朝灭亡重要的客观原因。坏运气，是每个王朝灭亡不可忽视的重要因素之一。
首先，从朱由检继位的第二年，即公元1628年，陕北突遭大旱。十余年间，陕西、山西、河南、河北、江苏、山东，无年不旱。倒霉的是，大旱相继，蝗灾与瘟疫接踵而至，赤地千里，十河九干。由于乏食，最终出现了“人吃人”的惨剧。天灾人祸，小民无生路可寻，加之官员贪污，苛捐杂税，横征暴敛，只能走一条路：造反！
同时，明朝发展到晚期，土地高度集中，宗室、勋戚、官绅地主对土地的兼并愈演愈烈，贫者益贫，富者益富，社会的两极分化达至惊人地步。而自嘉靖帝（世宗）开始“竭天下之财以奉一人”，万历帝（神宗）变本加厉，天启帝（熹宗）有样学样，明朝财政面临崩溃的境地，只得通过不断加派赋税来榨取民财。各级官吏巧取豪夺，竭泽而渔。由于农民纷纷抛荒逃散，造成水利失修，河患日甚，恶性循环下，天灾人祸不绝。军制方面，更是法久弊生，军屯、商屯均有名无实，士兵被拖欠军饷，已经没有什么战斗力。诸大将除身边亲兵可用外，基本上没有可信得过兵校。军纪败坏，索饷哗变，几乎成为明末军队中的“主旋律”。
早期的农民暴动，无非是一群想找口饭吃的乌合之众，无组织、无纪律，无任何明确目标，看似成千上万，实际上是一大帮拖家带口的饥民流民，明朝正规官军如果认真加以对付，这些人马上就会作鸟兽散。而且，领导暴动叛乱的人中，不少是当地土豪世家子弟或者是明朝边军的中下级军官，为避免事发后暴露身份连累亲族，他们纷纷自起诨名绰号。农民战争发展到中晚期，声势渐炽，首领们纷纷以本来姓名示人，“绰号”使用越来越少。
明末农民暴动，最早当推崇祯元年延安的府谷人王喜胤（澄城县的造反规模太小，忽略不计），因当地大饥荒，他率杨六、“不沾泥”等人四处掠抢富民家里粮食，“相聚成盗”。与白水县王二会合后，这伙人已有五六千人的规模，他们攻破宜君县城，大肆抢劫一番，窜入延安一带的黄龙山。后来的“大西王”张献忠，就是首先加入王嘉胤的队伍。
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半明半灭大明朝（3）
张献忠本人是延安卫人，年轻时可能在延安府当过捕役，也可能当过边兵，在榆林卫的洪承畴手下卖过力（这是他1645年在成都当“皇帝”后自吹自擂，不一定是真），但肯定的是，此人绝非一般因饥而反的顺民，应该是在衙门或军门里混过的有不少入世经验的老油子。由于在与官军作战中勇敢能杀，他自己很快有了一支武装，自号“西营八大王”，所以，相比李自成，张献忠绝对是“革命”老前辈。
至于李自成，虽然多年来一直说他是“农民领袖”，其实他本人并非农民，而是一个下岗驿卒，是有铁饭碗吃官家饭的“城里人”。他生于米脂，小名黄娃子，成年后到圁川驿（银川驿）充当驿卒。
明代，十里置铺，六十里置驿。本来，驿站制度原本为政府官员提供舟车、马匹、夫役、邮传方便，是很有必要的“公家”设施。随着明朝社会的全面腐化，驿站制度日益成为不少官员谋利的工具。他们往来经过驿站时，常常敲诈勒索驿站，损公肥私。明朝驿夫、马户为了应付“官家”的差事，有时甚至倾家荡产。举例来讲，大驿站一年应该供银五万，但实际发下来只有一至两千，县官自己按“倒”扣四百后，剩下的交给驿站。这一点银子，根本不够日常开支。即使如此，明政府内有人还打驿站的主意。
崇祯二年，给事中刘懋奏言整顿驿站。他出发点不错，通过整顿、精简，可以节省国家经费开支，抵消新饷。搞了一年多，裁撤数万驿卒，共省下六十八万两左右的白银——这区区六十八万两白银，事后证明，恰恰成为明王朝灭亡的代价——由于裁减驿卒，李自成下岗，这位爷无奈之下，愤而参加农民军，“奋臂大呼，九州幅裂。”所以，七品给事中的一纸奏文，在把大明朝送入历史黑暗的深渊的进程中使劲加了一把大力。
李自成登高一呼，饥民齐集，一天就得千把人，转掠四方。由于在政府部门做过事，他很会组织安排，十来天内就发展到数千人，往来奔窜，自号为“闯将”（关于“闯将”的名号，不少当代和明末、清朝的学者，包括姚雪垠先生在内，均认为李自成是“闯王”高迎祥手下。其实二人根本没有关系，更不是舅甥关系。他后来的老婆高氏也和高迎祥无关。“闯王”、“闯将”皆造反诨名，是并列